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【瓊脂糖凝膠電泳】 真假GelRed對(duì)比試驗(yàn)

2013-9-4  閱讀(2884)

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目前市場(chǎng)上幾種代表性的核酸染料:
 
GelRed是一款集高靈敏度、低毒性和光穩(wěn)定性于一體的核酸凝膠染料。由于染料分子不能透過人體細(xì)胞膜,保證了實(shí)驗(yàn)環(huán)境的安全與潔凈。該產(chǎn)品已通過美國(guó)環(huán)保局安全認(rèn)定,廢棄物可直接倒入下水道,不會(huì)造成任何環(huán)境污染。
 
EB (溴化乙啶)是早期分子實(shí)驗(yàn)中常用的小分子核酸凝膠染色劑,但染色效果并不靈敏,背景熒光信號(hào)太強(qiáng),分辨率不高。zui重要的EB是一種高誘變性致癌的化學(xué)物質(zhì)。
 
SYBR Green I和 SYBR Gold 也被廠家宣傳為靈敏的凝膠染色試劑。但 SYBR Green I 尤其是 SYBR Gold 在常用的微堿性電泳緩沖溶液或預(yù)制凝膠中會(huì)快速降解,穩(wěn)定性差導(dǎo)致染色效果極不可靠。 SYBR safe 雖然被認(rèn)為安全,但它的染色靈敏度遠(yuǎn)遠(yuǎn)達(dá)不到標(biāo)準(zhǔn)。
 
Goldview從對(duì)比試驗(yàn)結(jié)果來看,該產(chǎn)品就是AO(丫啶橙,一種致癌產(chǎn)品,且熒光亮度不佳)。請(qǐng)看Goldview 與 AO 對(duì)比試驗(yàn)結(jié)果。

下面看一下實(shí)驗(yàn)結(jié)果:
 
結(jié)果一:
 
圖一結(jié)果顯示:采用同樣的樣品及電泳條件(點(diǎn)泳池中跑4塊25 ml的凝膠):
 
美國(guó)原裝GelRed實(shí)驗(yàn)效果,原裝GelRed染色背景低,染料靈敏度高,分辨率強(qiáng)。
 
而某假貨GelRed和EB背景亮度相當(dāng)。另外在使用過程中:發(fā)現(xiàn)biotium的GelRed染料呈鮮艷的紫紅色,加入后極易擴(kuò)散,不會(huì)掛在燒瓶壁上,而假貨生物的染料呈暗淡的紅色偏褐,加入時(shí)不易擴(kuò)散,需搖晃才能擴(kuò)散,且擴(kuò)散后顏色偏土黃。
 
就實(shí)驗(yàn)特征而言,假貨經(jīng)銷商的gelred和EB的添加效果非常相似,懷疑其中有添加EB或goldview。
 
圖1 原裝GelRed、假貨GelRed、DuRed及EB四種核酸凝膠染料的效果對(duì)比圖。所使用的樣品均采用小片段質(zhì)粒(濃度100 ng/ul,上樣量均為3 ul);marker采用天根生化的DNAmarker 3;染料使用量均為1 ul染料加入25 ml瓊脂糖凝膠中;條件 1%濃度的瓊脂糖凝膠,電壓150V;400A 時(shí)間為20 min。EB采用泡染法染色8 min。
 
結(jié)果二:
 
圖二就推薦濃度問題做了對(duì)比試驗(yàn),結(jié)果表示:按照推薦濃度(1:10000,如2.5 ul加入到25 ml膠中),GelRed染料由于染料分子偏大,會(huì)對(duì)marker的大片段遷移有一定影響,偶爾會(huì)造成拖帶,微笑條帶等情況。但是小片段分離效果較好;
 
另外某假貨經(jīng)銷商的假貨GelRed小條帶幾乎彌散,消失不見了。
 
圖2 原裝GelRed與假貨GelRed染料按照推薦濃度跑膠效果對(duì)比圖。所使用的樣品均采用小片段質(zhì)粒(濃度100 ng/ul,上樣量均為3 ul);marker采用天根生化的DNAmarker 3;染料使用量均為2.5 ul染料加入25 ml瓊脂糖凝膠中;條件 1%濃度的瓊脂糖凝膠,電壓150V;400A 時(shí)間為20 min。
 
綜合以上結(jié)果,可以看出:
 
1.  假貨GelRed背景很亮與EB相似,使用顏色又有點(diǎn)偏向GoldView紅褐色;懷疑假貨中摻入的是致癌誘變?nèi)玖螮B與GoldView的混合物;而且小片段容易彌散,消失。
 
2.  原裝GelRed的*使用濃度為 2 ul加入到50 ml膠,1ul加入25 ml膠中(圖一)。說明書中推薦濃度使用染料時(shí),偶爾會(huì)影響大片段DNA的遷移。
 
建議廣大用戶從廠商購買安全的原裝產(chǎn)品,避免上當(dāng)受騙。

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