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當(dāng)前位置:上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司>>技術(shù)文章>>細(xì)胞STR鑒定,常見問題答疑
1. 報(bào)告結(jié)果中提示的多等位基因結(jié)果是什么?
答:正常的人源細(xì)胞組織細(xì)胞其STR圖譜,一個(gè)基因位點(diǎn)僅出現(xiàn)一個(gè)或2個(gè)峰。如發(fā)生細(xì)胞交叉污染現(xiàn)象,基因位點(diǎn)會(huì)出現(xiàn)多等位基因,即一個(gè)基因位點(diǎn)出現(xiàn)3個(gè)或以上峰??紤]到微衛(wèi)星的不穩(wěn)定,也不排除細(xì)胞突變的情況。
2. 細(xì)胞匹配的判讀標(biāo)準(zhǔn)是什么,怎么通過結(jié)果大致分析是否存在交叉污染?
答:參考ATCC-ANSI細(xì)胞鑒定標(biāo)準(zhǔn),檢測(cè)細(xì)胞和已公布的數(shù)據(jù)比對(duì),匹配度低于0.8則判定細(xì)胞和目標(biāo)細(xì)胞系不匹配。匹配度在0.8-1.0之間,判定細(xì)胞基本匹配,可能存在交叉污染或者傳代代次過高導(dǎo)致的細(xì)胞質(zhì)量下滑,位點(diǎn)突變的情況。
需注意,當(dāng)出現(xiàn)3個(gè)及以上多等位基因結(jié)果時(shí),需進(jìn)一步參考數(shù)據(jù)庫(kù)排查是否存在 叉污染。匹配度為1.0則樣本和目標(biāo)細(xì)胞匹配,且細(xì)胞質(zhì)量較好。
3. 目前小鼠細(xì)胞的STR鑒定是否可以做?
答:目前除部分公布的小鼠細(xì)胞位點(diǎn)數(shù)據(jù)外,還采取自行收錄標(biāo)準(zhǔn)樣本的方式整合小鼠細(xì)胞數(shù)據(jù)庫(kù),市面上常見的小鼠細(xì)胞系結(jié)果均可進(jìn)行鑒定。部分少見細(xì)胞系,需要通過定向數(shù)據(jù)比對(duì)的方式來確定來源。
4. 什么是 STR?細(xì)胞系鑒定原理簡(jiǎn)單描述?STR 檢測(cè)結(jié)果里邊的數(shù)字是什么意思?
答:STR:基因上的短串聯(lián)重復(fù)序列分子標(biāo)記(ATATATATATATAT,數(shù)字代表段串聯(lián)序列重復(fù)次數(shù))。每一株構(gòu)建的細(xì)胞系都有一組特異性的 STR 數(shù)據(jù)與之對(duì)應(yīng),細(xì)胞系是否正確,檢測(cè)該樣本的 STR 與數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)應(yīng)的細(xì)胞系 STR 比對(duì)是否一致即可。一旦細(xì)胞系的遺傳特性被確立,細(xì)胞系就應(yīng)該定期的檢測(cè),以防止出現(xiàn)細(xì)胞系被誤認(rèn)或交叉污染的情況。
5. 什么時(shí)候需細(xì)胞系鑒定?
1、發(fā)表文章或申請(qǐng)課題經(jīng)費(fèi)前;
2、使用細(xì)胞進(jìn)行臨床治療(試驗(yàn))前;
3、準(zhǔn)備凍存保種或已凍存多年的細(xì)胞;
4、一個(gè)涉及到細(xì)胞試驗(yàn)項(xiàng)目開始/結(jié)束時(shí);
5、新得到的細(xì)胞或?qū)嶒?yàn)室培養(yǎng) 5 代以上的細(xì)胞;
6、細(xì)胞系表現(xiàn)不穩(wěn)定或結(jié)果與預(yù)期差別較大;細(xì)胞功能不正常;
7,實(shí)驗(yàn)室新建立的細(xì)胞系;
6 ,所鑒定的細(xì)胞系數(shù)據(jù)庫(kù)沒有 STR 數(shù)據(jù)參考怎么辦?為什么會(huì)無匹配?原代細(xì)胞能夠做細(xì)胞鑒定嗎?
答:出現(xiàn)匹配不上任何已知數(shù)據(jù)情況,是因?yàn)檫@株細(xì)胞的標(biāo)準(zhǔn)序列并沒有收錄在國(guó)際的細(xì)胞庫(kù)之中,導(dǎo)致送檢樣本與任何的序列都不匹,或者樣本是自主構(gòu)建的新細(xì)胞系。沒有對(duì)比數(shù)據(jù)的,按說也要檢測(cè)一下 STR,只要做出來 str 數(shù)據(jù)跟數(shù)據(jù)庫(kù)排查,如果最后無匹配結(jié)果,問題不大,如果跟其他細(xì)胞匹配上 比如跟 hela 匹配上就有問題。原代細(xì)胞亦可做細(xì)胞系 STR 鑒定,一方面將其 STR 與數(shù)據(jù)庫(kù)做個(gè)排查。原代細(xì)胞鑒定需客戶提供原始組織和原代細(xì)胞,成組檢測(cè),以原始組織的 STR 分型結(jié)果作為標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)進(jìn)行比對(duì)。
7. 細(xì)胞鑒定已公布的數(shù)據(jù)來源?
答:DSMZ 數(shù)據(jù)庫(kù),是整合4個(gè)國(guó)際數(shù)據(jù)庫(kù):美國(guó)ATCC、德國(guó)DSMZ、日本JCRB和RIKEN,Expasy數(shù)據(jù)庫(kù)輔助判斷。
8. 細(xì)胞鑒定STR體系涵蓋多少個(gè)位點(diǎn)?
答:國(guó)際金標(biāo)準(zhǔn)8個(gè)STR和1個(gè)性別鑒定位點(diǎn),更額外贈(zèng)送12個(gè)STR位點(diǎn)輔助判斷。
9. 細(xì)胞鑒定STR體系是否能應(yīng)用于干細(xì)胞存儲(chǔ)領(lǐng)域?
答:細(xì)胞鑒定是一種司法親子鑒定技術(shù),不僅可以鑒定商品化的細(xì)胞株,還能應(yīng)用于干細(xì)胞來源性輔助鑒定。入庫(kù)細(xì)胞和對(duì)應(yīng)干細(xì)胞存儲(chǔ)者來源是否一致,也可通過細(xì)胞鑒定來實(shí)現(xiàn)。
10. 細(xì)胞鑒定STR能否分辨轉(zhuǎn)染細(xì)胞株的成功率和挑選轉(zhuǎn)染細(xì)胞株?
答:目前測(cè)試下來,轉(zhuǎn)染和基因改造的細(xì)胞系,STR結(jié)果基本一致,匹配度大概在0.9-1.0之間,僅通過STR的方法還是沒辦法做篩選穩(wěn)轉(zhuǎn)株的目的,建議是通過WB和基金測(cè)序,單克隆挑選來篩選想要的穩(wěn)轉(zhuǎn)細(xì)胞株。
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