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復雜蛋白質樣品的高效分離是提高MS對蛋白質鑒定覆蓋度的重要因素。2D-Gel技術是依據蛋白質等電點（iso-electric point）和分子量的差異，通過等電聚焦（IEF）和SDS-PAGE的二維分離，不同性質的蛋白質以點狀的形式（spot）分布在凝膠上；

樣品通過2D-Gel分離后，每個點上的蛋白質復雜度急劇降低。因此，凝膠上的蛋白質酶解后，不需要再進行LC分離，可以直接進行MALDI-TOF MS分析，從而縮短實驗周期和降低MS測試費用；

2D-Gel技術的蛋白質樣品（細胞、組織、體液等）；

2D-Gel結合MALDI-TOF MS，主要用于差異蛋白質組分析。

技術路線：

實驗流程：

1.蛋白質提取及定量；

2.蛋白質分別進行2D-Gel電泳及染色；

3.掃描圖片，用軟件對圖像進行分析，尋找差異點；

4.切割差異點，Trypsin酶解，提取肽段，MALDI-TOF MS完成蛋白質鑒定；

5.數據篩選，挑選蛋白質進行驗證（Western blot等）。