PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 (PicoPLEX WGA v3)可以從單細胞擴增DNA，獲得高度可重復的文庫。細胞裂解和預擴增后，進行低背景的PCR擴增，并在3小時內(nèi)獲得微克級產(chǎn)物。
除了延續(xù)之前PicoPLEX WGA Kit可進行高度可重復的拷貝數(shù)變異（CNV）分析外，該試劑盒通過使用高保真酶，盡可能減少擴增誤差，并能檢測單核苷酸變異（SNV）。

圖1. 基于PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的CNV檢測

以來自不同細胞系(GM22601、GM05067和GM12878)的單細胞起始，使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3擴增基因組。之后取1ng的擴增產(chǎn)物，使用Illumina Nextera XT Kit制備文庫，并在Illumina MiSeq（PE 75）進行測序。對Fastq文件去除接頭序列信息后，與human genome assembly GRCh37進行比對。只分析常染色體。對于這兩個panels，校準歸一化至100萬reads，使用bedtools 2.25.0計算每1 Mb的 bin的reads數(shù)。使用Integrative Genomics Viewer (IGV)繪制bin counts的log2 ratio (Sample/Reference)。PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3還顯示了可以高品質(zhì)的進行染色體異倍性分析。

圖2. PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的全基因組覆蓋范圍的重現(xiàn)性高

以GM12878的單細胞樣本起始（一式兩份），分別使用PicoPLEX WGA v3，A公司試劑盒和B公司試劑盒擴增基因組。之后取1ng的擴增產(chǎn)物，使用Illumina Nextera XT Kit制備文庫，并在MiSeq（PE 75）進行測序。然后與human genome assembly GRCh37進行比對，歸一化至1M reads (0.5M paired-end reads)后，使用bedtools 2.25.0計算每個1 Mb的bin的reads數(shù)。對這兩個單細胞文庫的每個窗口的total read進行繪制，計算Pearson和Spearman相關性并在每個圖中標明。

Panel A. 包含異常值的樣本。*由于不同技術存在不同的偏差，沒有排除相關點，所以圖表的比例不同。
Panel B. 排除異常值的樣本。與A公司和B公司試劑盒相比，PicoPLEX WGA v3具有更高的重現(xiàn)性和覆蓋度。

Clontech現(xiàn)貨單細胞擴增試劑盒

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