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如何通過激光顯微切割改善您的 DNA 突變分析工作流程

閱讀:156      發(fā)布時(shí)間:2024-10-28
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癌癥研究:提取未稀釋的癌組織進(jìn)行DNA突變分析

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DNA 突變導(dǎo)致異常蛋白質(zhì)或缺失功能蛋白質(zhì),這可能導(dǎo)致細(xì)胞不受控制地增殖并變得癌變。為了找到并理解特定癌癥類型的潛在突變,提取純腫瘤材料是極其重要的。這尤其具有挑戰(zhàn)性,特別是當(dāng)只有有限數(shù)量的癌性組織可用時(shí)(例如小轉(zhuǎn)移)。激光顯微切割允許提取純粹的癌性組織,而不會(huì)用健康細(xì)胞污染您的樣本。DNA 測(cè)序?qū)?dǎo)致有效且可重復(fù)的結(jié)果,幫助輕松識(shí)別致癌的 DNA 突變,因?yàn)椴粫?huì)被污染的健康細(xì)胞掩蓋。




精確到單細(xì)胞的 DNA 變異分析工作流程


徠卡的激光顯微切割系統(tǒng)將通過精確切割您感興趣的細(xì)胞來改善您的工作流程。每一步都在視覺控制下進(jìn)行,并且不會(huì)與周圍組織污染。





DNA 分析工作流程 - 步驟


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01.樣品準(zhǔn)備

通常,激光顯微切割使用特殊的基于膜的載玻片。LMD的樣本準(zhǔn)備是簡單的,可以從經(jīng)典的組織學(xué)準(zhǔn)備中得出。


石蠟包埋將組織樣本帶入可以切成薄片的狀態(tài)?;蛘?,您可以利用冷凍切片來準(zhǔn)備您的載玻片。如果有新鮮的癌組織可用,您應(yīng)該優(yōu)先選擇冷凍切片以保護(hù)核酸不被降解。


我們將為您的應(yīng)用提供合適的LMD載玻片。




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02.固定和染色

一般來說,可以使用石蠟切片或冷凍切片。這里我們將概述冷凍切片的使用。


樣本切片應(yīng)在冷凍切片后立即用丙酮、乙醇或乙醇和醋酸的混合物固定和染色。


H&E 是一種常見的組織學(xué)染色,其中蘇木精染色細(xì)胞核,伊紅染色細(xì)胞質(zhì)。


H&E 染色適用于石蠟切片和冷凍切片。

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03.可視化和 ROI 定義

徠卡 LMD激光顯微切割系統(tǒng)可以生成自動(dòng)樣本概覽,便于輕松導(dǎo)航到您的感興趣區(qū)域 (ROI)。


您的 ROI 可以通過 AVC 軟件模塊自動(dòng)識(shí)別和標(biāo)記,或者您可以手動(dòng)應(yīng)用形狀。

  • 關(guān)于徠卡 LMD 激光顯微切割系統(tǒng)的更多信息

  • 關(guān)于徠卡 LMD 激光顯微切割應(yīng)用軟件的更多信息

  • 激光顯微切割文章與教程

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04.激光顯微切割

接下來,定義的感興趣區(qū)域(ROIs)在視覺控制下被激光精確切割,并通過重力直接收集。視覺控制的切除可以防止腫瘤材料與健康細(xì)胞混合,從而扭曲結(jié)果。通過重力收集允許使用標(biāo)準(zhǔn)、經(jīng)濟(jì)實(shí)惠的 耗材,如 PCR 管或 8 條管。


此外,您可以使用“移動(dòng)和切割"工具直接在飛行中切割樣本,而無需任何預(yù)定義形狀。


我們提供適合您符合需求的LMD激光顯微切割系統(tǒng)。

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05.DNA提取

徠卡顯微系統(tǒng)推薦使用高質(zhì)量的 QIAGEN 試劑盒(QIAamp® DNA Micro Kit)用于核酸的制備。


它們可以立即用于下游應(yīng)用,如 PCR、測(cè)序、定量實(shí)時(shí) PCR,或者可以在-20°C 下存儲(chǔ),直到需要時(shí)使用。




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06.DNA突變分析

DNA 突變分析是通過下一代測(cè)序(NGS)進(jìn)行的。


其他技術(shù)如焦磷酸測(cè)序或經(jīng)典的 DNA 桑格測(cè)序也適用。

典型的研究領(lǐng)域


Pathology research 病理研究


Neuroscience 神經(jīng)科學(xué)


Pharmaceutical research 制藥研究


Plant research 植物研究


Epigenetics research 表觀遺傳學(xué)研究


典型的研究領(lǐng)域


LMD 傳單 – DNA 突變分析


LMD 應(yīng)用視頻


參考文獻(xiàn):

1.Shen et al., Nature, 2018, doi: 10.1038/s41586-018-0703-0

2.Makohon-Moore et al., Nature, 2018, doi: 10.1038/s41586-018-0481-8

3.Untch et al., CancerRes, 2018, doi: 10.1158/0008-5472.CAN-17-1925

4.Huang et al. Nanotheranostics (2018)



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