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基因芯片技術(shù)

來(lái)源:武漢基因美生物科技有限公司   2012年08月21日 14:47  

        自閉癥又稱孤獨(dú)癥,是一種毀滅性的神經(jīng)系統(tǒng)失調(diào)導(dǎo)致的發(fā)育障礙,這種疾病被認(rèn)為是目前世界范圍內(nèi)影響兒童zui嚴(yán)重的公共健康問(wèn)題之一。

         對(duì)于此類(lèi)智力落后相關(guān)的復(fù)雜性疾病成因,常常需要進(jìn)行多方面多因素分析,基因組拷貝數(shù)變異(copy number variations, CNVs)就是其中的致病原因之一。基因組拷貝數(shù)變異CNVs是指染色體某段區(qū)域發(fā)生的重復(fù)(duplication)或者缺失,它與點(diǎn)突變(point mutation)的區(qū)別是前者是基因組某一段區(qū)域發(fā)生重復(fù)或缺失,而后者是基因組某一個(gè)位點(diǎn)發(fā)生變異。

           目前研究發(fā)現(xiàn)某些疾病與點(diǎn)突變有關(guān),如很多單基因疾?。欢行┘膊∨c基因組拷貝數(shù)的變化有關(guān),比如一些三體綜合癥、1q21微缺失綜合征以及Miller-Dieker綜合征等;更多情況下很多復(fù)雜性疾病由點(diǎn)突變和拷貝數(shù)變異共同組成其致病原因,如孤獨(dú)癥,先天性心臟病等。

            染色體基因芯片分析(Chromosomal Microarray Analysis,CMA)能在全基因組范圍內(nèi)同時(shí)檢測(cè)很多種因染色體拷貝數(shù)變異而導(dǎo)致的疾病,因?yàn)槠渫看螅直媛矢?,技術(shù)平臺(tái)日益成熟,目前染色體基因芯片已經(jīng)逐步應(yīng)用于多種疾病的臨床診斷和研究。

            研究人員在31.5%的患者樣品中檢測(cè)出了染色體的異常,其中發(fā)生異常改變zui多的是7號(hào)和17號(hào)染色體。這項(xiàng)研究表明基因組拷貝數(shù)變異是多發(fā)畸形和/或不明原因智力落后患者的主要致病原因之一,利用CytoScanHD芯片檢測(cè)患有此類(lèi)疾病患者的基因變異,陽(yáng)性率顯著高于常規(guī)染色體核型分析。

           以往經(jīng)典地針對(duì)多發(fā)畸形和智力落后患者的檢測(cè)手段主要是細(xì)胞遺傳學(xué)的方式。細(xì)胞遺傳學(xué)主要研究染色體畸變與遺傳病的關(guān)系,對(duì)于遺傳咨詢和產(chǎn)前診斷具有重要意義。目前主要的研究方法有: 1.染色體核型分析;2. FISH(fluorescence in situ hybridization)技術(shù);3.基因組芯片雜交。

           其中基因組芯片雜交技術(shù)是FISH技術(shù)的一大延伸與重大飛躍,它通過(guò)單一的一次雜交,可對(duì)某一樣本整個(gè)基因組的染色體拷貝數(shù)量的變化進(jìn)行檢查。

           根據(jù)其原理有兩種類(lèi)型芯片:一種是比較基因組芯片(comparative genomic in situ,CGH),其基本原理是用不同的熒光染料通過(guò)缺口平移法分別標(biāo)記患者樣本和正常樣本的DNA制成探針,并與正常樣本染色體進(jìn)行共雜交,以在染色體上顯示的患者與正常對(duì)照的熒光強(qiáng)度的不同來(lái)反映整個(gè)患者基因組DNA表達(dá)狀況的變化,再借助于圖像分析技術(shù)可對(duì)染色體拷貝數(shù)量的變化進(jìn)行定量研究,此類(lèi)技術(shù)以Agilent和Nimblegen為代表;另外一種是基因分型陣列芯片(Genotyping array),其根本原理是不需要正常對(duì)照,它是根據(jù)自身相互間SNP位點(diǎn)對(duì)比,zui后和Hapmap數(shù)據(jù)庫(kù)正常人對(duì)比。此類(lèi)技術(shù)以Affymetrix和Illumina為代表。

          基因芯片作為細(xì)胞遺傳學(xué)檢測(cè)手段中的一種,有相對(duì)以往經(jīng)典的遺傳學(xué)檢測(cè)*的優(yōu)勢(shì):①能在全基因組范圍內(nèi)同時(shí)檢測(cè)很多種因染色體失衡而導(dǎo)致的疾?。虎谀芡瑫r(shí)檢測(cè)到染色體的缺失(deletion)和增加(duplication),并能準(zhǔn)確地測(cè)定其大??;③能檢測(cè)到≥10%水平的嵌合體;④分辨率高,相比傳統(tǒng)核型分析高出近千倍。染色體基因芯片分析檢測(cè)平臺(tái)及技術(shù)日益成熟,已經(jīng)逐步應(yīng)用于多種疾病的臨床診斷和研究,為分子診斷平臺(tái)的完善提供了重要的。

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