Octet®國內(nèi)文獻(xiàn)盤點:小分子應(yīng)用再奪冠
Octet® 非標(biāo)記分子互作分析系統(tǒng)采用實時的非標(biāo)記分析技術(shù),用于測定親和力、動力學(xué)和抗體/蛋白質(zhì)定量。這種無流路的儀器平臺基于生物層干涉(BLI)技術(shù)而設(shè)計,與傳統(tǒng)的非標(biāo)記技術(shù)相比,具有眾多優(yōu)勢。
2024年上半年(截至6月30日在線發(fā)表)的國內(nèi)論文中,使用賽多利斯Octet® 數(shù)據(jù)的國內(nèi)論文呈現(xiàn)井噴狀態(tài)。陳老師統(tǒng)計了2024年上半年約200篇國內(nèi)論文(預(yù)計總數(shù)超過200篇),這些文章分布于130個單位, 詳細(xì)列表在文末哦~老規(guī)矩,讓我們先按照單位和應(yīng)用進(jìn)行統(tǒng)計。
圖1. 2024上半年Octet® 文章第一作者單位分布
圖2. 2024H1 Octet® 文章應(yīng)用分布
中國藥科大學(xué)、北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院、南京大學(xué)、復(fù)旦大學(xué)、浙江大學(xué)和中山大學(xué)等單位發(fā)表的文章均在4篇以上。其中,中國藥科大學(xué)論文數(shù)達(dá)到了10篇。這表明,Octet® 因其操作簡單、成本低、數(shù)據(jù)準(zhǔn)確和儀器穩(wěn)定性好等優(yōu)點,可以幫助科學(xué)家快速取得科研成果。
從應(yīng)用方向上看,依舊涉及到多個方向。其中小分子的應(yīng)用超過蛋白和抗體應(yīng)用的文章數(shù)量,牢牢占據(jù)應(yīng)用方向榜首!BLI技術(shù)對溶劑(DMSO)不敏感,假陽性低,高靈敏度等優(yōu)點可以幫助研究人更快,更高質(zhì)量的獲得了小分子檢測的結(jié)果。
今天,我們就來挑選幾篇代表性文章來一一解讀:
細(xì)胞與分子互作[1]
全球氣候變化伴隨著二氧化碳(CO2)富集和高溫(HT)脅迫。研究發(fā)現(xiàn),番茄外源質(zhì)外糖 (Glc)處理增強了番茄在環(huán)境CO2條件下對HT脅迫的恢復(fù)力?;诩?xì)胞的生物層干涉法(Octet® )、亞細(xì)胞定位和分裂熒光素酶測定表明,Glc 與番茄 G 蛋白信號轉(zhuǎn)導(dǎo) 1 (RGS1) 調(diào)節(jié)因子結(jié)合并誘導(dǎo) RGS1 內(nèi)吞作用,從而以濃度依賴性方式誘導(dǎo) RGS1-G 蛋白α亞基 (GPA1) 解離,這是 CO2-Glc 誘導(dǎo)的耐熱性升高所必需的。這些信息增強了對Glc-G蛋白信號傳導(dǎo)功能在應(yīng)對全球氣候變化的脅迫恢復(fù)力中的理解,并將有助于開發(fā)植物恢復(fù)力的基因工程方法。
圖3. 將原生質(zhì)體固化在Octet® 傳感器上,結(jié)合各種單糖,發(fā)現(xiàn)表達(dá)RGS1的細(xì)胞主要結(jié)合葡萄糖,但是將RGS1突變后,與葡萄糖結(jié)合變?nèi)?/p>
Octet® 因為浸入即讀的方法,更適合檢測比較大的分析物,比較細(xì)胞。
血清抗體濃度測定[2]
第三劑滅活新型冠狀病毒疫苗的抗體反應(yīng)對疫苗的保護(hù)作用至關(guān)重要。西湖大學(xué)工學(xué)院對接種疫苗的15人的九個月里七個時間點進(jìn)行了微量取樣和靜脈穿刺取樣,并建立了基于Octet® 的光纖生物層干涉法測量(FO-BLI)來測試血清中的中和抗體,可以在幾分鐘內(nèi)完成測試。研究結(jié)果揭示發(fā)現(xiàn)在第三次給藥后,野生型變體的血清NAb水平在7天后增加了2.9倍,在一個月內(nèi)增加了3.3倍,隨后下降,并在三個月后變得不可檢測。針對原始株與變異株的中和能力檢測, FO-BLI與假病毒中和試驗高度相關(guān)(Pearson 相關(guān)系數(shù)為0.983)?;贔O-BLI的濃度測試因為其快速,并且與功能性匹配,有潛力在疾病預(yù)防和疫苗開發(fā)中有著更大的應(yīng)用。
圖4. A圖:Octet® 建立血清中和抗體的檢測方法,將受體ACE2結(jié)合在傳感器上,與HRP偶聯(lián)的不同病毒株的RBD和血清的混合物孵育,然后用底物放大信號;B圖:這種方法測試的標(biāo)準(zhǔn)抗體的靈敏度可以達(dá)到20ng/mL;
D圖:FO-BLI的檢測結(jié)果與病毒中和實驗PVNT(IC50)有良好的相關(guān)性
使用生物層干涉技術(shù),可以快速建立濃度檢測方法。
分子垂釣[3]
研究者建立了一種基于Octet® 的垂釣技術(shù),研究人員將GNAS蛋白固化至SA傳感器表面,再與中藥參芪降糖顆粒(SJG)提取物結(jié)合,隨后提取物被解離至洗脫液中,將洗脫液使用UHPLC-Q/TOF-MS/MS分析GNAS垂釣出的小分子。通過垂釣組與對照組的相對含量變化篩選26個小分子可能與GNAS有相互作用。其中7個化合物用Octet® 進(jìn)一步驗證,并顯示出強的結(jié)合活性,均是SJG的主要成分。其中,黃芪中的Formononetin、高麗參的三七皂苷Ft1和人參皂苷中的甲素人參F2為“君“、地黃中的Catapol為“臣”,五味子中的五味子素A和茜草中的沒食子酸為“佐使”,符合中醫(yī)配伍“君臣佐使“原則。
圖5. Octet® 驗證小分子和GNAS的結(jié)合
非流路設(shè)計可以多次垂釣富集豐度低結(jié)合弱的小分子,提高垂釣的成功率。
脂肪肝新靶點[4]
肝細(xì)胞對預(yù)防非酒精性脂肪性肝?。∟AFLD)和其他慢性代謝性疾病具有重要意義。中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所黃波團(tuán)隊研究發(fā)現(xiàn),糖原合成使用其中間代謝物尿苷二磷酸葡萄糖(UDPG)來拮抗脂肪生成,從而引導(dǎo)小鼠和人肝細(xì)胞將葡萄糖碳儲存為糖原。在這項機制研究中,發(fā)現(xiàn)UDPG通過SLC35F5轉(zhuǎn)運進(jìn)入高爾基體后,誘導(dǎo)site-1蛋白酶S1P的泛素化降解,從而阻斷活性形式SREBP1c的生成,最終抑制脂肪酸的合成。通過Octet® 非標(biāo)記分子互作系統(tǒng)對小鼠和人的脂肪酸合成過程中關(guān)鍵酶(S1P)與UDPG結(jié)合這一重要步驟進(jìn)行了驗證,并提供了結(jié)合的直觀證據(jù)。
圖6. 通過SA傳感器固化小鼠(a)和人(b)的S1P蛋白分別與不同濃度UDPG結(jié)合解離曲線
原文大量pulldown以及CO-IP數(shù)據(jù),但作者仍選擇用Octet® 非標(biāo)記互作系統(tǒng)來證明S1P與UDPG直接相互作用,可見Direct Binding是趨勢。
Octet®分子互作分析系統(tǒng)的優(yōu)勢在于
非標(biāo)記Direct Binding是趨勢,結(jié)果更準(zhǔn)確
快速測定親和力,更加定量化地表征分子互作
無洗滌步驟,可測弱親和力(解離快)
寫入了美國藥典,文章多,認(rèn)可度廣
萬金油技術(shù),可以用與檢測DNA,小分子,蛋白質(zhì)等各種生物分子
多種實驗方案,除了直接測試,還有競爭法,垂釣等
操作簡便,耗材及維護(hù)成本低
Octet® 讓分子互作不再復(fù)雜!祝愿大家可以用賽多利斯神器發(fā)好文章!
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-參考文獻(xiàn)-
[1] Glucose-G protein signaling plays a crucial role in tomato resilience to high temperature and elevated CO2 | Plant Physiology | Oxford Academic (oup.com)
[2] Vaccines | Free Full-Text | Dynamic Profiling and Prediction of Antibody Response to SARS-CoV-2 Booster-Inactivated Vaccines by Microsample-Driven Biosensor and Machine Learning (mdpi.com)
[3] Zhang H, et al. Discovery of drug targets based on traditional Chinese medicine microspheres (TCM-MPs) fishing strategy combined with bio-layer interferometry (BLI) technology. Anal Chim Acta. 2024 May 29;1305:342542.
[4] Hepatic glycogenesis antagonizes lipogenesis by blocking S1P via UDPG.Science,2024
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