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疏水色譜柱是利用樣品分子與固定相的疏水力作用的不同，用流動(dòng)相洗脫時(shí)，各組分遷移速度不同而達(dá)到分離的目的。流動(dòng)相一般為pH 6-8的鹽水溶液，具有對(duì)蛋白質(zhì)的回收率高，蛋白質(zhì)變性可能性小等優(yōu)勢(shì)。由于流動(dòng)相中不使用有機(jī)溶劑，也有利于蛋白質(zhì)保持固有的活性。
不同于反相色譜，在疏水反應(yīng)色譜中上述官能團(tuán)的密度較低，且蛋白分子只在一個(gè)或少數(shù)幾個(gè)位置上吸附。
鹽濃度較高時(shí)會(huì)產(chǎn)生吸附作用，但若加入低百分比濃度的有機(jī)溶劑降低鹽濃度，則會(huì)產(chǎn)生脫附作用。
盡管二者均以疏水作用為基礎(chǔ)，但HIC分離的選擇性明顯不同于反相LC。
相對(duì)于RPC，HIC的最高容量較低，但其優(yōu)勢(shì)在于：流動(dòng)相條件（主要是含水流動(dòng)相）通常不會(huì)破壞高階蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。
TSKgel Phenyl-5PW疏水色譜柱（HIC）能夠有效分離抗體的結(jié)構(gòu)同分異構(gòu)體。在抗體藥物中，對(duì)于一些由于等電點(diǎn)相同而無法通過離子交換色譜法實(shí)現(xiàn)分離的，但表面疏水性有差異的結(jié)構(gòu)同分異構(gòu)體、或多聚體，可以考慮使用疏水色譜法來進(jìn)行分析。并且疏水色譜法也可以用于抗體降解產(chǎn)物的分析。
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