01 新guan研究病理評估

● HALO數(shù)字病理圖像分析平臺

數(shù)字病理作為理解新*疾病的工具之一，在描述病毒攻擊人體的機制，理解免疫系統(tǒng)對疾病做出反應(yīng)，以及指導(dǎo)治療和影響患者預(yù)后至關(guān)重要。

HALO是數(shù)字病理圖像分析的優(yōu)秀者，在新*的發(fā)病機制、疫苗、患者的治療及預(yù)后等研究的重要工中，將會成為您*的研究助手。HALO數(shù)字病理圖像分析平臺結(jié)合HALO-Link圖像管理平臺，可極大的滿足您對組織圖像的查看、注釋、分析、管理、共享等需求。
 
Indica Labs 于2020年5月份和美國國立衛(wèi)生研究院（National Institutes of Health）合作啟動了在線的新*數(shù)字病理學(xué)資料庫（COVID-DPR），用以托管高分辨率的新*相關(guān)的人體組織數(shù)字圖像。

應(yīng)用文獻(xiàn)概覽:

（1）HALO在SARS-CoV-2疫苗研究中的應(yīng)用

倉鼠大劑量鼻內(nèi)SARS-CoV-2感染會導(dǎo)致嚴(yán)重的臨床疾病，包括組織中病毒復(fù)制水平高、嚴(yán)重的肺炎、體重減輕和部分動物死亡。

表達(dá)穩(wěn)定型SARS-CoV-2突刺蛋白的腺病毒血清型26載體疫苗的單次免疫可引起結(jié)合和中和抗體反應(yīng)，并防止SARS-CoV-2引起的體重減輕、肺炎和死亡。

這些數(shù)據(jù)證明了針對SARS-CoV-2臨床疾病的疫苗保護(hù)作用。該模型可用于SARS-CoV-2疫苗的臨床前研究、治療方法和發(fā)病機理。

·  文中涉及的HALO病理圖像分析：
在每只動物至少一個肺葉的橫截面上，使用HALO定量平臺進(jìn)行分析。在有多個橫截面的情況下，每個肺葉被量化為一個單獨的數(shù)據(jù)點。

使用Multiplex IHC算法對表達(dá)SARS-CoV-N和Iba-1蛋白的陽性細(xì)胞和百分比進(jìn)行定量分析。對于SARS-CoV-2 RNAscope ISH和Mx1，使用Area Quantification（面積定量模塊）確定SARS-CoV-2反義或正義探針的表達(dá)量及Mx1蛋白占總組織面積的百分比。

對于MPO(中性粒細(xì)胞)和CD3+細(xì)胞定量，剔除血管 (>5 mm2), 支氣管、細(xì)支氣管、軟骨和結(jié)締組織區(qū)域，并使用CytoNuclear模塊對MPO+及CD3+細(xì)胞進(jìn)行定量分析并計算其細(xì)胞密度。

 在所有的定量分析中，對每個樣本的所有圖像均進(jìn)行人工復(fù)核，以確保標(biāo)注及定量分析的準(zhǔn)確性。

Reference：
Tostanoski, L.H., Wegmann, F., Martinot, A.J. et al. Ad26 vaccine protects against SARS-CoV-2 severe clinical disease in hamsters. Nat Med (2020). .

（2）HALO在SARS-COV-2感染后的免疫事件研究中的應(yīng)用

該研究對SARS-COV-2感染后的免疫事件進(jìn)行了調(diào)查，從急性炎癥狀態(tài)到感染后4周，非人類靈長類動物(NHP)的肺部病理具有異質(zhì)性。急性期的特征是CD16+單核細(xì)胞從血液中快速遷移，同時肺中CD16+巨噬細(xì)胞增多。

研究中確定了兩個間質(zhì)巨噬細(xì)胞亞群(DR+ CD206-)，一個與血漿中IL-6水平直接相關(guān)的過渡性CD11c+ CD16+群體，以及一個長期存在的CD11b+ CD16+群體。研究結(jié)果揭示了新guan的細(xì)胞機制，并驗證了NHP作為免疫療法測試模型的有效性。

文中涉及的HALO病理圖像分析：

使用HALO軟件對病理病變進(jìn)行定量分析。HALO Tissue Classifier 用于識別肺部RM和AGM區(qū)域的fluidic和cellular炎癥。根據(jù)肺部受累的比例，分別對fluidic和cellular炎癥進(jìn)行評分。
 
Reference：
Fahlberg, M.D., Blair, R.V., Doyle-Meyers, L.A. et al. Cellular events of acute, resolving or progressive 新guanin SARS-CoV-2 infected non-human primates.

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02 新guan疫苗免疫學(xué)應(yīng)答評價

●   AID酶聯(lián)斑點分析儀-ELISPOT

· 德國艾迪（AID）與ELISPOT
 德國艾迪（AID）是一家專業(yè)研發(fā)并生產(chǎn)酶聯(lián)斑點分析儀，細(xì)胞分析儀，病毒噬斑分析儀，菌落分析儀，Elispot酶聯(lián)斑點分析試劑，PCR診斷試劑的公司。
•ELISPOT是檢測和評價疫苗的細(xì)胞免疫水平的有效方法。
•*標(biāo)準(zhǔn)：國際上普遍采用ELISPOT方法監(jiān)測HIV疫苗研究中的免疫應(yīng)答反應(yīng)，在國際艾滋病疫苗行動計劃中，采用ELISPOT法對T細(xì)胞功能進(jìn)行評價。

· ELISPOT在疫苗研發(fā)中的應(yīng)用
（1）疫苗研發(fā)和動物實驗
  ·抗原表位篩選
  ·免疫效果評價
  ·疫苗的細(xì)胞免疫效果評價

（2）疫苗臨床試驗
  ·評價疫苗抗原的免疫應(yīng)答

（3）疫苗生產(chǎn)過程中的質(zhì)控
  ·鑒定疫苗的免疫效果是否一致穩(wěn)定

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03 新guan疫苗檢測蛋白分析

● MSD電化學(xué)發(fā)光免疫分析技術(shù)

MSD在疫苗檢測應(yīng)用：

· 異源初免打破新疫苗的保護(hù)性免疫反應(yīng)瓶頸
來自不同平臺的新guan疫苗在療效、保護(hù)期和副作用方面存在差異。為了最大限度地發(fā)揮疫苗接種的效益，科研攻關(guān)組疫苗研發(fā)專班專家組副組長、中國工程院院士王軍志研究團(tuán)隊探索了采用異源的主要增強策略的效用，在小鼠模型中對中國正在進(jìn)行臨床試驗的四種主要新guan候選疫苗的不同組合進(jìn)行了測試。
 
結(jié)果表明，腺病毒載體疫苗免疫后，滅活/重組亞單位/mRNA疫苗再免疫，特別能提高水平的中和抗體，并促進(jìn)調(diào)節(jié)抗體反應(yīng)為主要的中和抗體。此外，腺病毒載體疫苗的異源初始增強方案也改善了Th1偏向性T細(xì)胞反應(yīng)。研究結(jié)果為研制和應(yīng)用新guan疫苗控制SARS-CoV-2大流行提供了新的思路。

中國國家食品藥品監(jiān)督管理研究院提供并維持無特異性病原體BALB/c小鼠。本研究中使用的四種SARS-CoV-2疫苗包括滅活疫苗、腺病毒載體疫苗、重組蛋白疫苗和mRNA疫苗，并由不同制造商捐贈。

新鮮分離的脾細(xì)胞用跨越SARS CoV-2棘突蛋白的四個肽池以每孔2 × 105個細(xì)胞刺激20小時。每種肽的濃度為5μg/mL。收集上清液并根據(jù)不同的疫苗接種組或不同的肽池匯集。上清液按1:2的比例稀釋，然后使用MSD V-PLEX促炎試劑盒1（MSD 試劑盒：V-PLEX Proinflammatory Panel 1 Mouse Kit）進(jìn)行測量。使用標(biāo)準(zhǔn)曲線計算每個樣品的濃度。從刺激樣品的水平中減去未刺激樣品的濃度。

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04 新guan研究單細(xì)胞測序基因分析

● BD Rhapsody 單細(xì)胞多組學(xué)平臺

應(yīng)用單細(xì)胞測序探究新guan患者單核細(xì)胞免疫學(xué)特征

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