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菌落計數(shù)是微生物實驗中普遍的實驗之一，是統(tǒng)計物品含菌數(shù)的有效方法，廣泛用于食品、飲料、藥品、生物制品、化妝品、衛(wèi)生用品、飲用水、生活污水、工業(yè)廢水、臨床標本中細菌數(shù)的檢驗。
全自動菌落計數(shù)儀因其使用的自動化程度高、分析結(jié)果可核對、樣品信息可留存等，已逐漸被越來越多的科研院所、衛(wèi)生疾控部分所喜愛。全自動菌落計數(shù)儀采用成像分析法實現(xiàn)自動計數(shù)，即由【成像硬件+分析軟件】所組成。
成像硬件用于獲得清晰有效的菌落圖像，以便分析計數(shù)。成像硬件有拍照成像、掃描成像。由CMOS加攝像頭拍照成像的優(yōu)點是：成像速度快，能展現(xiàn)培養(yǎng)基表層和深層的細微菌落。確保在0.5秒內(nèi)獲得菌落圖像。由單反相機、卡片機拍照成像的優(yōu)點是：能自動對焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的時間。拍照成像的一個難題是光源產(chǎn)生的光斑干擾，對于這個問題國內(nèi)一家公司，通過對儀器照明系統(tǒng)進行精密的設(shè)計，上下光源采用了寬光帶的LED柔光系統(tǒng)，并結(jié)合懸浮式暗視野 成像系統(tǒng)，不僅能夠消除玻璃培養(yǎng)皿的折射光斑，而且通過改變光比，使得菌落表面的皺折、凹陷、邊緣的鋸齒更富立體感。
掃描成像與在燈箱中營造均勻面光源不同，是將線光源通過移動變成面光源的，光線強度相對比較均勻，其均勻度通常比拍照燈箱的面光源要高一個數(shù)量級，從成像硬件的上解決了菌落目標的亮度不勻問題，但掃描只是平面的效果，不能展現(xiàn)培養(yǎng)基表層和深層的細微菌落，且不能展現(xiàn)菌落顏色等多方面的情況，對于觀察分析而言構(gòu)成了一定難度。
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