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Trikinetics--果蠅節(jié)律實驗

來源:bio-protocol   2019年08月20日 15:57  

實驗步驟

1、準(zhǔn)備待測果蠅:使用標(biāo)準(zhǔn)果蠅食物飼養(yǎng)雄性果蠅

2、準(zhǔn)備監(jiān)測管

3、裝配果蠅:麻醉果蠅,移入管中,一管一只,將裝入果蠅的監(jiān)測管插入監(jiān)測板中,并用通氣塞封住非食物端。固定監(jiān)測管。

4、將監(jiān)測板放入培養(yǎng)箱中,并與數(shù)據(jù)收集系統(tǒng)相連

5、打開電腦設(shè)置參數(shù),收集信息

結(jié)果與分析

1、收集并處理數(shù)據(jù)
 

  1. 監(jiān)測結(jié)束后將所收集的數(shù)據(jù)復(fù)制到新文件夾中,然后將其導(dǎo)入DAMFileScan軟件 中。
  2. 在DAMFileScan軟件中轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)格式:在“Bin Length”處設(shè)置數(shù)據(jù)間隔為
    30 min;在“Output File Type”處設(shè)置輸出數(shù)據(jù)文件格式為“Channel Files”;在左側(cè)“First Bin to Save”處設(shè)置數(shù)據(jù)開始日期,時間設(shè)置為“00:30:00”;在右側(cè)“Last Bin to Save”處設(shè)置數(shù)據(jù)結(jié)束日期,時間設(shè)置為近的時間 (例如,下午三點收集數(shù)據(jù),則時間設(shè)置為“15:00:00”);在“Extra Readings”處選擇“Sum into Bin”;在“RunName”處為導(dǎo)出數(shù)據(jù)命名;后點擊“Save”保存即可。

2、分析節(jié)律
節(jié)律分析使用ClockLab軟件 (Actimetrics,版本:2.72),以30 min為間隔計算周期 (圖2)。
 

  1. 通過MATLAB打開ClockLab,打開“MATLAB”輸入“CL”后點擊回車。
  2. 點擊界面左上角“Open File”鍵,從轉(zhuǎn)換格式后的文件中任選一個。
  3. 在右下方面板中的“Block Size”處選擇數(shù)據(jù)間隔為30 min,“Start/End Hour”處均選為0。
  4. 設(shè)置節(jié)律性分析的參數(shù)
  5. 點擊界面右上方“Preferences”鍵,然后在彈出界面中“Periodogram”下方“Confidence”處設(shè)置置信水平為0.01,在“Range”處設(shè)置周期時長范圍 (低限為17 h,高限為40 h),然后關(guān)閉該界面。
  6. 選擇數(shù)據(jù)分析日期
    在主界面中“Start/End Dates”處設(shè)置開始日期為DD第1天的日期,結(jié)束日期為收集數(shù)據(jù)的日期。
  7. 節(jié)律性分析
  8. 點擊主界面左下角“Batch Analysis”鍵,在彈出界面中選中需要分析的數(shù)據(jù);在右邊面板中確認(rèn)并勾選相關(guān)參數(shù):“P’gram peak1” (卡方周期圖分析,日期設(shè)為全部持續(xù)黑暗時間段),“Avg Counts” (平均活動量,日期設(shè)為持續(xù)黑暗后一天) 等,點擊“Go”開始分析。
  9. 節(jié)律分析結(jié)果說明
    分析結(jié)束后結(jié)果生成“BatchAnal”文件,使用Excel打開。其中主要參數(shù)有以下幾項:

    1)“Tau”:通過卡方周期圖計算出17-40 h之間節(jié)律性強時對應(yīng)的周期時長,即果蠅活動周期。

    2)“power”:該果蠅活動周期所對應(yīng)的節(jié)律性大小。

    3)“Significance”:置信水平為0.01且周期在17-40h之間時該果蠅節(jié)律性背景值。

  10. 排除死果蠅
    分析每只果蠅DD后一天的活動,將活動量為0的果蠅刪除。
  11. 整理分析結(jié)果
    通過“power”與“significance”相減可計算得到“p-s” (表示果蠅節(jié)律強弱),若“p-s”小于10則認(rèn)為該果蠅沒有節(jié)律,計算平均周期時將該果蠅排除 (計算節(jié)律強度平均值時需保留)。終得到每種基因型果蠅以下參數(shù):
  12. 果蠅數(shù)目“N”;

    2)有節(jié)律的果蠅占存活果蠅百分比“rhythmic”;

    3)果蠅節(jié)律性強弱“p-s”;

    4)果蠅平均周期長度“Tau”。

生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院, 華中科技大學(xué), 武漢, 湖北 張珞穎

 

 

 

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