HPLC技術(shù)主要應(yīng)用是在臨床藥學(xué)和臨床生理學(xué)中。臨床藥學(xué)主要是治療藥物監(jiān)測(TDM)和藥代動力學(xué)。HPLC之所以在TDM中占有重要地位。其主要原因是：
    (1)可以同時監(jiān)測不同種類的藥物。
    (2)一次進(jìn)樣可同時分析原藥及代謝產(chǎn)物。
    (3)分離和定量同時進(jìn)行．具有較高的準(zhǔn)確性和度。此外HPLC還具有*的經(jīng)濟(jì)效益比，花費(fèi)遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于其它傳統(tǒng)方法。目前用HPLC分析臨床常用藥物 超過數(shù)百種。已廣泛用于TDM中的如抗癲癇藥，抗心律失常藥。茶堿．撲熱息痛，環(huán)孢霉索等。在臨床生理研究方面，許多復(fù)雜化合物或內(nèi)源代謝物也可用 HPLC法分析。如血中兒茶酚胺、氨基酸、激素、前列腺素、多肽、核酸等。
此外HPLC還可應(yīng)用到臨床診斷中，如在新生兒疾病篩查中，開發(fā)了血紅蛋白病的Hb，苯丙酮尿酸癥的PKU，成神經(jīng)細(xì)胞瘤等方法。
    需要注意的是臨床樣品都是生物樣品，如血、尿、痰、體液等，成分復(fù)雜，性質(zhì)各異，生物大分子多，必須進(jìn)行適當(dāng)?shù)奶幚?，去除某些干擾物。處理時嚴(yán)格按要求去做，否則會導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)失敗或造成柱的阻塞，甚至報廢。