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想要提高探針的的效果,可以考慮在探針上采用LNA(鎖核酸)堿基或MGB(小溝結(jié)合劑)基團。
這樣做的效果是:
1、增強探針與靶序列的雜交強度。增強結(jié)合的特異性后,背景噪聲降低,從而提高整個實驗的靈敏度。
2、一般為滿足設(shè)計要求,AT序列豐富的探針需要長達40個核苷酸。通過LNA堿基或MGB的取代,可以將長度減少至13~20個核苷酸,而不影響效果。
為什么這樣的方法可以提高探針的效果?
LNA堿基是一種核苷酸類似物,其化學結(jié)構(gòu)可以限制DNA構(gòu)象為理想的Waston-Crick雙螺旋結(jié)構(gòu)。每插入1個LNA堿基,可以使Tm值增加3~6°C。
MGB基團是一個能結(jié)合到DNA小溝的三肽分子,能與互補的單鏈DNA高特異性、高強度地結(jié)合。
例如SNP基因分型實驗,要求所有引物、探針復(fù)性溫度一致的多重PCR實驗,就很適合使用這個方法。
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