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SNP,全稱(chēng) Single Nucleotide Polymorphisms,是指在基因組上單個(gè)核苷酸的變異。目前很多人仍然使用測(cè)序法來(lái)進(jìn)行研究,具有準(zhǔn)確、直觀的優(yōu)點(diǎn)。但有一種方法,能間接的研究SNP,且經(jīng)濟(jì)快捷,那就是——SNP基因分型。
其實(shí)現(xiàn)原理:熔解溫度(melting temperature,Tm)是指吸光值增加到最大值的一半時(shí)的溫度稱(chēng)為DNA的解鏈溫度或熔點(diǎn)。當(dāng)實(shí)時(shí)熒光定量PCR中的熒光探針與靶基因錯(cuò)配,即靶基因序列上產(chǎn)生了核苷酸變異,他們的熔解溫度比較低。相對(duì)而言,沒(méi)有突變的靶基因與探針雜交的熔解溫度較高。通過(guò)區(qū)分熔解溫度的差異,來(lái)區(qū)分突變型和未突變型(野生型)。
進(jìn)行SNP基因分型需要注意:
1、將突變的位點(diǎn)放在探針中間。
2、保證兩條探針的熔解溫度相同。
熒光探針中,Taqman探針可進(jìn)行SNP基因分型。推薦Applied Biosystems公司的Taqman MGB探針,相對(duì)普通Taqman探針,與錯(cuò)配序列的熔解溫度相差更大。
分子信標(biāo)也可用于SNP基因分型。他的莖環(huán)結(jié)構(gòu)比一般線性的分子探針更適合SNP分型,莖環(huán)結(jié)構(gòu)與錯(cuò)配序列雜交的熱穩(wěn)定性更低,熔解溫度相差也更大。
讀者們可根據(jù)自己的實(shí)驗(yàn)需求,選擇合適的方法進(jìn)行分析。
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