Precellys研磨儀:助力胃部微生物群的研究
目前高通量測序可以有效評估胃部微生物群的含量,但在臨床上很難實現(xiàn)。研究人員希望可以尋找一個在血清層面試驗的方法,來評估胃部微生物群的含量。
韓國漢陽大學(xué)醫(yī)學(xué)院近日在PLOS ONE雜志上發(fā)表文章,研究通過幽門螺桿菌抗體和胃蛋白酶原的檢測來預(yù)測胃部微生物群的含量。其中在胃部黏膜組織DNA提取中,使用法國Bertin的Precellys研磨器,良好的研磨效果助力接下來的測序及微生物群的分析。
研究人員評估了兩種相對含量與胃癌相關(guān)的細(xì)菌(亞硝酸細(xì)菌和IV型分泌系統(tǒng)蛋白基因產(chǎn)生菌T4SS)與血清標(biāo)記物(幽門螺桿菌抗體HP,胃蛋白酶原PG)的關(guān)系。
DNA提取方法:樣品:胃部研磨組織;Precellys24研磨儀;研磨條件為轉(zhuǎn)速6500rpm,研磨90s,研磨珠為0.1mm的鋯珠;提取的DNA樣品用無DNA酶水溶,之后用DNA純化試劑盒(QIAGEN)純化,-80℃保存。
經(jīng)過16S rRNA基因測序分析微生物含量的變化,結(jié)果如圖1、圖2所示:
圖一中A-D四張結(jié)果分別為不同濃度胃蛋白酶原PG與兩種細(xì)菌的關(guān)系圖,其中隨著PG濃度水平下降,細(xì)菌的含量上升;
圖2中A-D四個結(jié)果分別不同濃度胃蛋白酶原PG與兩種細(xì)菌的關(guān)系,其中分別有HP抗體陽性、HP抗體陰性以及未確定的三組細(xì)菌含量的比較;HP抗體陰性的兩種細(xì)菌含量明顯高于HP抗體陽性;同時隨著PG含量的下降,細(xì)菌含量上升。
法國Bertin公司研磨器Precellys因其高效的研磨效率,安全的研磨性能,可以有效助力胃部或腸道微生物的研究。此外,與Precellys搭配的Cryolys制冷系統(tǒng)可以快速降溫,保證在研磨的同時準(zhǔn)確控制研磨腔室溫度穩(wěn)定在0-10℃,為RNA和蛋白質(zhì)的提取保駕護(hù)航。