jenabioscience:Atto425 NT Labeling Kit 貨號:PP-305L-425
Jena Bioscience由Max-Planck-Institute of Molecular Physiology(Dortmund)的一組科學(xué)家于1998年成立,利用超過25年的學(xué)術(shù)知識為100多個(gè)國家的研究和行業(yè)客戶開發(fā)創(chuàng)新試劑。
供一般實(shí)驗(yàn)室使用。
運(yùn)輸:凝膠包裝運(yùn)輸
儲(chǔ)存條件:儲(chǔ)存在-20°C
避免冷凍/解凍循環(huán),避光儲(chǔ)存
保質(zhì)期:12個(gè)月
光譜特性: λexc436納米,λ全身長的484納米,ε 45.0毫摩爾-1厘米-1(三羥甲基氨基甲烷-鹽酸,pH 7.5)
描述:
Atto425缺口翻譯標(biāo)記試劑盒包含缺口翻譯標(biāo)記所需的所有試劑(除了用于純化探針的模板和材料),提供了一種高效、易于實(shí)施和快速的標(biāo)記技術(shù)。
該試劑盒被推薦用于DNA的直接酶標(biāo)記。Atto425 NT標(biāo)記混合物包含經(jīng)過特別優(yōu)化的Atto425-dUTP,可通過DNA聚合酶I進(jìn)行缺口翻譯,從而整合到DNA中。熒光團(tuán)出色的穩(wěn)定性和量子產(chǎn)率,加上染料-dUTP復(fù)合物的高整合率,使其成為各種熒光應(yīng)用的理想選擇。
缺口翻譯標(biāo)記基于聚合酶I和脫氧核糖核酸酶I的反向活性。脫氧核糖核酸酶I能夠在低酶濃度下將隨機(jī)分布的缺口引入雙鏈DNA。聚合酶I的5’→3’核酸外切酶活性從缺口的3’側(cè)去除核苷酸,同時(shí)使用3’-OH末端作為引物合成部分新的互補(bǔ)鏈。在存在染料標(biāo)記的dUTP聚合酶的情況下,I摻入標(biāo)記的dUTP而不是dTTP。酶混合物中平衡良好的聚合酶/核酸酶活性確保了高度標(biāo)記的雙鏈DNA片段的產(chǎn)生。
所得DNA適用于FISH、微陣列基因表達(dá)譜和其他核酸雜交分析。
保護(hù)熒光標(biāo)記的dUTP免受光照射,并在弱光條件下進(jìn)行實(shí)驗(yàn)程序。
內(nèi)容:
酶混合物(紅色瓶蓋)
儲(chǔ)存緩沖液中的2單位/微升聚合酶I和0.02單位/微升脫氧核糖核酸酶I
NT標(biāo)記緩沖液(綠色瓶蓋)
10倍濃度
Atto425 NT標(biāo)簽混合物(紫色瓶蓋)
0.5毫米dATP、0.5毫米dCTP、0.5毫米dGTP、0.25毫米dTTP、
0.25毫米Atto425-dUTP,pH 7.5
停止緩沖器(黃色蓋子)
0.5 M EDTA,pH 8.0
PCR級水(白色瓶蓋)
推薦的NT檢測:
樣品材料可以是超螺旋或線性化的質(zhì)粒DNA、粘粒或BAC DNA、完整或部分染色體或純化的PCR產(chǎn)物。
在無菌小瓶中制備以下反應(yīng)混合物。
20 μl缺口翻譯標(biāo)記分析
填充至20微升 | PCR級水 | 白色帽子 |
2微升 | 10x NT標(biāo)記緩沖液 | 綠色帽子 |
2微升 | Atto425 NT 標(biāo)簽混合 | 紫色帽子 |
1-1.5微克 | 模板dna | - |
2微升 | 酶混合物 | 紅色帽子 |
- 輕輕渦旋混合物以確保均勻,并短暫離心以收集試管底部的反應(yīng)混合物。
- 將試管置于15°c預(yù)冷的熱混合器中。建議孵育90分鐘,以產(chǎn)生大小在200和500 bp之間的DNA片段。
- 為了控制片段的長度,在瓊脂糖凝膠上加載2 μl分析物。運(yùn)行凝膠時(shí),將反應(yīng)管置于-20°C。
- 為了獲得更小的片段,添加額外的2 μl酶混合物,并在15℃下延長孵育時(shí)間
- 為最終終止反應(yīng),添加5 μl終止緩沖液(黃色瓶蓋)。進(jìn)行純化或儲(chǔ)存在-20°c下
探針的純化:
為了在反應(yīng)混合物用于后續(xù)實(shí)驗(yàn)之前從反應(yīng)混合物中除去未摻入的核苷酸,建議采用以下程序之一:
1.硅膠膜吸附純化- PCR純化試劑盒。不,第201頁
Jena Bioscience PCR純化試劑盒提供了一種簡單有效的方法來純化大于100 bp的DNA片段。該制劑基于二氧化硅膜技術(shù),用于在高鹽中結(jié)合DNA,并在低鹽緩沖液中洗脫。請參考說明書。
2.異丙醇沉淀提純
向反應(yīng)混合物中加入1 μl糖原(2 mg/ml)、2 μl乙酸鈉(3 M)和14 μl異丙醇,并輕輕充分混合。室溫下孵育15分鐘,并在4℃下以最大速度旋轉(zhuǎn)30分鐘。棄去上清液,用70 %乙醇洗滌2次(以最大速度旋轉(zhuǎn)5分鐘)。
3.離心過濾裝置凈化
未摻入的核苷酸可以用離心過濾裝置通過離心去除。根據(jù)DNA片段的截止值選擇過濾器裝置,并遵循制造商的說明。
熒光團(tuán)的摻入率:
DNA標(biāo)記的效率可以通過計(jì)算摻入的熒光團(tuán)與片段中堿基數(shù)量的比率(染料/堿基)來估計(jì)。
1.光密度的測量:測量標(biāo)記的DNA片段在260 nm處的吸光度(A260)和激發(fā)最大值(λexc)為染料(A給…染色).
2.A的校正260閱讀:為了獲得核酸的精確吸光度測量,必須校正260 nm處染料的貢獻(xiàn)。使用以下等式:
A基礎(chǔ)= A260-(答給…染色x CF260)
Atto425的校正系數(shù):CF260 = 0.27
3.標(biāo)記率的計(jì)算:染料與堿的比例由下式給出:
染料/堿= (A給…染色x ε基礎(chǔ))/ (A基礎(chǔ)x ε給…染色)
消光系數(shù):
Atto425: ε給…染色= 45000厘米-1 M-1
dsDNA: ε基礎(chǔ)= 6600厘米-1 M-1
ssDNA: ε基礎(chǔ)= 8900厘米-1 M-1
寡核苷酸:ε堿基= 10000cm-1 M-1
實(shí)施例:染料與堿基之比為0.05對應(yīng)于將10個(gè)dye-dUTP核苷酸分別摻入到含有200個(gè)核苷酸的DNA片段中,或者摻入到100 bp的PCR片段中。如果可以假設(shè)dATP、dCTP、dGTP和dTTP在DNA片段中的平均分布,50個(gè)現(xiàn)有dttp中的10個(gè)已經(jīng)被dye-dUTP取代,導(dǎo)致20 %的標(biāo)記率。
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