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全能核酸酶,又稱非限制性核酸內(nèi)切酶,是一種來源于Serratia Marcescen的非特異性核酸內(nèi)切酶,可以降解各種形式的(雙鏈,單鏈,線狀,環(huán)狀,天然或變性)DNA和RNA,產(chǎn)生3-5個(gè)堿基長度的5'-單磷酸寡核苷酸。無論是實(shí)驗(yàn)研究,還是工業(yè)生產(chǎn),全能核酸酶都是目前能夠同時(shí)有效去除DNA和RNA的酶。
一,廣闊的應(yīng)用前景
1,降低細(xì)胞/細(xì)菌裂解時(shí)核酸釋放產(chǎn)生的黏度,并且適用于任何裂解方式。
2,在大規(guī)模的層析純化時(shí),避免由于大量的核酸吸附在層析介質(zhì)上降低蛋白質(zhì)的有效載量從而降低純化得率。
3,在 ELISA、二維電泳和免疫印跡分析中,提高分辨率和回收率,這對(duì)于準(zhǔn)確、高效地分析生物樣品至關(guān)重要。
4,消除重組蛋白、疫苗等生物制品的外源性核酸殘留,這是確保產(chǎn)品安全、有效的關(guān)鍵步驟。
二,全能核酸酶的應(yīng)用
1,E.coli表達(dá)的重組蛋白純化
對(duì)于某些大腸桿菌表達(dá)的蛋白,很容易形成包涵體,在純化的過程中常常與宿主DNA纏繞在一起,破碎的菌體往往非常粘稠,大大降低了蛋白的純化效率。通過瓊脂糖凝膠電泳可以發(fā)現(xiàn),宿主DNA確實(shí)會(huì)與蛋白結(jié)合,并在一定程度上限制了全能核酸酶的消化。通過延長全能核酸酶的處理時(shí)間或增加用量,可以有效去除結(jié)合的宿主DNA。
圖1. 1-5:經(jīng)過全能核酸酶不同時(shí)長處理的樣品,處理時(shí)間越長,效果越好
2,Western-blot實(shí)驗(yàn)中的應(yīng)用
W-B實(shí)驗(yàn)常常用于研究蛋白質(zhì)間的相互作用,當(dāng)我們在研究細(xì)胞中蛋白互作網(wǎng)絡(luò)時(shí),提取的蛋白樣本中往往含有大量核酸,使得研究者難以分辨這種互作關(guān)系是蛋白-蛋白之間形成的,還是由DNA的橋接間接導(dǎo)致的。同時(shí),核酸的存在也會(huì)導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)結(jié)果條帶不清晰、背景較雜。
用全能核酸酶預(yù)處理樣品,一方面可以避免這種DNA的橋接作用的影響,另一方面可以減少背景雜質(zhì)。
圖2. +:用全能核酸酶預(yù)處理樣品,—:未使用全能核酸酶處理的樣本
3,CHIP-seq實(shí)驗(yàn)中的應(yīng)用
衰老的發(fā)生與大量染色質(zhì)變化同時(shí)發(fā)生,這很有可能就是衰老的原因。目前,研究這類變化的方法是染色質(zhì)免疫沉淀,然后進(jìn)行測序 (ChIP-Seq)。早期常用的方法是甲醛處理細(xì)胞,再通過超聲處理產(chǎn)生150到300 bp之間的染色質(zhì)片段來完成的。但是通過這種方式得到的DNA量太少,不足以用于測序。使用全能核酸酶消化DNA和RNA,可以輕松地從衰老細(xì)胞中分離染色質(zhì)。全能核酸酶不具有蛋白酶活性,可以輕易獲得足夠的DNA并進(jìn)行測序。
圖3. 20 分鐘內(nèi)RKO細(xì)胞中全能核酸酶對(duì)染色質(zhì)消化的比較
4,PBMC細(xì)胞結(jié)團(tuán)
近年來,冷凍保存的外周血單核細(xì)胞 (PBMC) 在免疫分析中的應(yīng)用急劇增加。冷凍保存的PBMC在終點(diǎn)頻率較低的臨床試驗(yàn)中特別有用,因?yàn)榭梢栽谘芯拷Y(jié)束后進(jìn)行免疫分析。此外,使用冷凍保存的PBMC可以在一個(gè)實(shí)驗(yàn)室中進(jìn)行所有檢測,消除了實(shí)驗(yàn)室間變異性,使用冷凍PBMC還可以消除批間變異的影響。
除了解決儲(chǔ)存條件的問題以外,PBMC細(xì)胞最大的特性是在復(fù)蘇后極易結(jié)團(tuán),容易導(dǎo)致細(xì)胞質(zhì)量低,檢測結(jié)果不可信。在細(xì)胞復(fù)蘇的時(shí)候?qū)⑷芎怂崦讣尤氲脚囵B(yǎng)基中和細(xì)胞共培養(yǎng),可以有效防止細(xì)胞結(jié)團(tuán)。
圖4.未經(jīng)全能核酸酶處理的過夜儲(chǔ)存血液的斑點(diǎn)計(jì)數(shù)結(jié)果顯示,四個(gè)供體有三個(gè)顯著減少,用全能核酸酶處理的過夜血液PBMC的SFC結(jié)果更接近于從新鮮血液中分離的細(xì)胞獲得的結(jié)果
三,逐典Pannarase全能核酸酶優(yōu)勢:
1.無動(dòng)物源性、無氨芐青霉素
2.杰出單位比酶活、更高效的核酸降解能力
3.先進(jìn)的生產(chǎn)工藝,非傳統(tǒng)His標(biāo)簽純化、排除引入金屬離子風(fēng)險(xiǎn)
4.嚴(yán)格的質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn),內(nèi)毒水平低,確保單位酶活的準(zhǔn)確性以及批次間穩(wěn)定性
1,全能核酸酶應(yīng)用條件:
全能核酸酶的酶活會(huì)受到多種因素的影響(例如溫度、pH、離子強(qiáng)度等),故用量范圍也會(huì)從0.1 U/mL-250 U/mL不等。因此,不同的操作環(huán)境下酶的最佳濃度不同,需要通過實(shí)驗(yàn)設(shè)置梯度進(jìn)行最佳條件的摸索。
2,應(yīng)用實(shí)例:
1.樣品:狂犬病毒濃縮液
處理?xiàng)l件:核酸酶濃度50~90U/ml ,
37 ℃處理 2 h,轉(zhuǎn)入18 ~ 26 ℃處理 6h
表 1.不同酶濃度對(duì)狂犬病病毒收獲液中 Vero 細(xì)胞 DNA 的去除效果【11
2.樣品:狂犬病病毒濃縮液
處理?xiàng)l件:25、50和100 U/ml,37℃
表 2.不同濃度核酸酶作用不同時(shí)間去除 Vero 細(xì)胞 DNA 效果的比較【2]
3.樣品:流感病毒濃縮液
處理?xiàng)l件:10 U/mL,37℃
表 3.核酸酶處理 300k 超濾濃縮效果(x± s,n=3)【3]