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亞硫酸氫鹽測(cè)序試劑盒丨EpiNext 高敏感亞硫酸鹽測(cè)序試劑盒(illumina)

時(shí)間:2024/7/16閱讀:62
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DNA甲基化是通過(guò)在胞嘧啶環(huán)的5-碳上共價(jià)添加一個(gè)甲基基團(tuán)(CH3),從而形成5-甲基胞嘧啶(5-mC)。DNA甲基化在調(diào)節(jié)幾乎所有生物過(guò)程中的基因表達(dá)中起著至關(guān)重要的作用,包括發(fā)育、生長(zhǎng)和分化。DNA甲基化的改變已被證明會(huì)導(dǎo)致基因表達(dá)的變化。例如,高甲基化會(huì)導(dǎo)致基因沉默或基因表達(dá)降低,而低甲基化則激活基因或增加基因表達(dá)。異常的DNA甲基化也與疾病的病因有關(guān),如癌癥、自身免疫性疾病和精神分裂癥。因此,全基因組DNA甲基化分析可以提供有價(jià)值的信息,用于發(fā)現(xiàn)用于疾病診斷的表觀遺傳標(biāo)記,以及用于治療的潛在靶點(diǎn)。

 

目前,全基因組亞硫酸鹽測(cè)序(WGBS)或簡(jiǎn)化代表性亞硫酸鹽測(cè)序(RRBS)等幾種方法用于全基因組DNA甲基化分析。這些方法將未甲基化的胞嘧啶轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,而5-mC在亞硫酸鹽處理中保持不變。這允許將表觀遺傳差異解釋為遺傳差異,然后可以通過(guò)單堿基分辨率和全基因組范圍內(nèi)的測(cè)序來(lái)檢測(cè)。然而,實(shí)現(xiàn)這一點(diǎn)的傳統(tǒng)方法仍然沒(méi)有實(shí)際應(yīng)用,因?yàn)椋?span style="font-family: Calibri;">1)這些方法需要大量的DNA>1微克)作為輸入材料,這在從有限的生物樣本(如腫瘤活檢樣本、早期胚胎、胚胎組織和循環(huán)DNA)中制備是困難的;(2)這些方法要求DNA首先被剪切,然后與適配器連接,接著進(jìn)行亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化(連接后亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化)。這個(gè)過(guò)程導(dǎo)致大多數(shù)包含在適配器-DNA片段構(gòu)建中的DNA片段斷裂,從而形成單標(biāo)簽?zāi)0澹谖膸?kù)富集中將被移除。因此,在進(jìn)行全基因組亞硫酸鹽測(cè)序時(shí)會(huì)出現(xiàn)不w全覆蓋和偏差;以及(3)這些方法耗時(shí)(2天)。為了克服這些方法的弱點(diǎn),EpigenTek提供了EpiNext™高靈敏度亞硫酸鹽測(cè)序試劑盒(Illumina#P-1056A。

 

艾美捷亞硫酸氫鹽測(cè)序試劑盒特點(diǎn):

創(chuàng)新方法:允許同時(shí)進(jìn)行亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化和適當(dāng)大小的DNA片段化。亞硫酸鹽處理后的DNA可以直接連接到適配器,從而消除了通常在使用全基因組亞硫酸鹽測(cè)序(WGBS)和簡(jiǎn)化代表性亞硫酸鹽測(cè)序(RRBS)方法時(shí)發(fā)生的適配器連接片段斷裂的可能性。

快速且流程簡(jiǎn)化的程序:從DNA亞硫酸鹽處理到準(zhǔn)備好的文庫(kù)DNA,整個(gè)過(guò)程可以在6小時(shí)30分鐘內(nèi)完成。

w轉(zhuǎn)化:將未甲基化的胞嘧啶w全轉(zhuǎn)化為尿嘧啶(>99%),同時(shí)對(duì)甲基胞嘧啶到胸腺嘧啶的不當(dāng)或錯(cuò)誤轉(zhuǎn)化忽略不計(jì)。

高靈敏度和高效率:創(chuàng)新的亞硫酸鹽DNA適配器連接消除了片段丟失和選擇偏差,使得輸入DNA可以低至0.2納克,非常適合對(duì)珍貴且有限的樣本進(jìn)行甲基化分析。該試劑盒可用于非條形碼(單重)和條形碼(多重)DNA文庫(kù)的準(zhǔn)備。

極其方便:試劑盒包含DNA文庫(kù)準(zhǔn)備每個(gè)步驟所需的所有組分,足夠進(jìn)行亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化、連接、清潔、大小選擇和文庫(kù)擴(kuò)增,從而使亞硫酸鹽DNA文庫(kù)準(zhǔn)備流程化,以獲得可靠和一致的結(jié)果。

最小偏差:超高頻(Ultra HiFi)擴(kuò)增能夠以最小的序列偏差和低錯(cuò)誤率獲得可重復(fù)的高產(chǎn)量DNA文庫(kù)。

廣泛的樣本適用性:起始材料可以是來(lái)自各種組織/細(xì)胞樣本的基因組DNA,如新鮮和冷凍組織、培養(yǎng)瓶或微孔板中的培養(yǎng)細(xì)胞、顯微切割樣本、石蠟包埋組織、活檢、胚胎細(xì)胞、血漿/血清樣本以及體液樣本等。來(lái)自各種富集反應(yīng)的DNA,如ChIP、MeDIP/hMeDIP或外顯子捕獲,也可以作為起始材料。

 

亞硫酸氫鹽測(cè)序試劑盒檢測(cè)原理:

該試劑盒包含了直接使用微量輸入DNA生成的亞硫酸鹽DNA成功制備文庫(kù)所需的所有試劑。在這種制備過(guò)程中,DNA在亞硫酸鹽處理的同時(shí)被轉(zhuǎn)化為適當(dāng)長(zhǎng)度的片段。經(jīng)過(guò)亞硫酸鹽處理的DNA,以單鏈形式存在,隨后同時(shí)轉(zhuǎn)化為雙鏈DNA并連接適配器。連接后的片段使用MQ結(jié)合珠進(jìn)行大小選擇和純化,然后使用高保真度PCR混合液進(jìn)行擴(kuò)增,這確保了從最小量的起始材料中獲得最大產(chǎn)量,并以低錯(cuò)誤率和最小偏差提供了文庫(kù)DNA的高度精確擴(kuò)增。

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