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1、微生物菌種如菌群之間生物的拮抗作用， 正常菌群在人體某一特定位粘附，定植和繁殖，形成一層菌膜屏障。通過拮抗作用，抑制并排斥過路菌群的入侵和群集，調(diào)整人體與微生物之間的平衡狀態(tài)。 
2、免疫作用，正常菌群能刺激宿主產(chǎn)生免疫及清除功能。  
3、排毒作用，如雙岐桿菌能使腸道過多的革蘭氏陰性桿菌下降到正常水平，減少內(nèi)毒素的吸收。 4、抗腫瘤作用，能降解、清除體內(nèi)的致癌因子，激活體內(nèi)的抗腫瘤細(xì)胞因子等。   
5、抗衰老作用。 人體腸道的正常微生物，如雙岐桿菌，乳酸桿菌等能合成多種人體生長發(fā)育必須的維生素，如B族維生素（維生素B1、B2、B6、B12），維生素K，煙酸、泛酸等，還能利用蛋白質(zhì)殘?jiān)铣煞潜匦璋被?，如天冬門氨酸、丙氨酸、纈氨酸和蘇氨酸等，并參與糖類和蛋白質(zhì)的代謝，同時(shí)還能促進(jìn)鐵、鎂、鋅等礦物元素的吸收。微生物菌種這些營養(yǎng)物質(zhì)對(duì)人類的健康有著重要作用，一旦缺少會(huì)引起多種疾病。生態(tài)平衡時(shí)，正常腸道微生物可以保持宿主的正常生理功能，如營養(yǎng)、免疫、消化等。
腸道菌群，人體腸道的正常微生物，如雙歧桿菌，乳酸桿菌等能合成多種人體生長發(fā)育必須的維生素，如B族維生素（維生素B1、B2、B6、B12），維生素K，煙酸、泛酸等，還能利用蛋白質(zhì)殘?jiān)铣杀匦璋被?，如天冬門氨酸、苯丙氨酸、纈氨酸和蘇氨酸等，并參與糖類和蛋白質(zhì)的代謝，同時(shí)還能促進(jìn)鐵、鎂、鋅等礦物元素的吸收。這些營養(yǎng)物質(zhì)對(duì)人類的健康有著重要作用，一旦缺少會(huì)引起多種疾病。
人體腸道內(nèi)寄生著10萬億個(gè)細(xì)菌，它們能影響體重和消化能力、抵御感染和自體免疫疾病的患病風(fēng)險(xiǎn)，微生物菌種還能控制人體對(duì)癌癥治療藥物的反應(yīng)。