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1．菌種培養(yǎng)待鑒定的菌種一定是純種
如果菌種不純，所觀察到的現(xiàn)象則是混合現(xiàn)象，這樣自然不會(huì)得到正確的結(jié)果。因此在鑒定之前，首先要將菌種純化。 純化方法，一般有2種：平板劃線單菌落分離法和單細(xì)胞分離法。前一種操作簡(jiǎn)便，效果良好，適用范圍廣。 
2．菌種培養(yǎng)要有合適的鑒定方法
微生物種類(lèi)繁多，特征各異，性狀有主次之分。因此，在鑒定某種微生物時(shí)，要選用合適的鑒定方法，確定主要的測(cè)試項(xiàng)目。 例如，鑒定的微生物若是霉菌，則菌落形態(tài)觀察十分重要； 若是酵母菌，有性繁殖的方式、特征以及生理生化特征中的糖的發(fā)酵和同化，硝酸鹽的同化就是主要指標(biāo)。3．菌種培養(yǎng)選一本比較好的鑒定手冊(cè)
鑒定時(shí)以此手冊(cè)為標(biāo)準(zhǔn)，開(kāi)展鑒定工作。根據(jù)多數(shù)人的經(jīng)驗(yàn)，我們認(rèn)為在細(xì)菌鑒定方面，使用《伯杰氏鑒定細(xì)菌學(xué)手冊(cè)》一書(shū)較為合適。
在放線菌鑒定方面，可以參看中科院微生物研究所編著的《鏈霉菌鑒定手冊(cè)》（1975年）一書(shū)。
真菌的鑒定可參看中科院微生物研究所編著的《常見(jiàn)與常用真菌》（1973年）一書(shū)。荷蘭羅德的《酵母的分類(lèi)研究》（1970年）一書(shū)，對(duì)酵母菌的分類(lèi)有很大的實(shí)用價(jià)值。