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  PCR 技術(shù)具有操作簡便、省時、靈敏度高特異性強和對原始材料質(zhì)量要求低等優(yōu)點，但由于所用的TaqDNA 聚合酶缺乏5'—3'核酶外切酶活性，不能糾正反應中發(fā)生的錯誤核苷酸摻入，估計每9000個核苷酸會導致一個摻入錯誤，不過Innis M·A 發(fā)現(xiàn)，錯誤摻入的堿基有終止鏈延伸的作用傾向，使得錯誤不會擴大。
 
PCR 技術(shù)應用廣泛，不可能有這樣一套條件滿足所有的實驗，但本實驗所介紹的方法可適應于大多數(shù)DNA 擴增反應，即使有的不適應，至少也確定了一個共同的起點，在此基礎(chǔ)上可以作多種變化。不過下列因素在實驗應用時應予以特別注意，以求取得滿意結(jié)果。
 
1、模板：單、雙鏈DNA 和RNA都可以作為PCR樣品，若起始材料是RNA，須先通過逆轉(zhuǎn)錄得取條cDNA。雖然PCR 可以僅用極微量的樣品，但為了保證反應的特異性，一般宜用ng 量級的克隆DNA，ug 級的染色體DNA，待擴增樣品質(zhì)量要求較低，但不能混合有任何蛋白酶、核酸酶，Taq DNA聚合酶的抑制劑以及能結(jié)合DNA 的蛋白質(zhì)。
 
2、引物：引物是決定PCR 結(jié)果的關(guān)鍵，下列原則有助于引物的合理設計。
 
（1）盡可能選擇堿基隨機分布，GC 含量類似于被擴增片段的引物，盡量避免具有多聚嘌呤、多聚嘧啶或其它異常序列的引物。
 
（2 ）避免具有明顯二級結(jié)構(gòu)（尤其是在引物3'—末端）的序列。
 
（3 ）防止引物間的互補，特別要注意避免具有3'末端重疊的序列。
 
（4）引物的長度約為20個堿基，較長引物較好，但成本增加，短引物則特異性降低。
 
（5）引物濃度不宜偏高，過高易形成二聚體，而且擴增微量靶目標或起始材料是粗制品，容易產(chǎn)生非特異產(chǎn)物。