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原代細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)NanoString Technologies的科學(xué)家發(fā)現(xiàn)，細(xì)胞群體的RNA平均表達(dá)水平不一定與群體中單個(gè)細(xì)胞的RNA表達(dá)相同。例如，有些基因持續(xù)在低水平表達(dá)，而另一些則在短時(shí)間內(nèi)大量表達(dá)。對(duì)宏觀測(cè)定而言，這樣的表達(dá)模式被平均化。

該公司*的數(shù)字表達(dá)譜分析系統(tǒng)能直接對(duì)單個(gè)RNA分析進(jìn)行計(jì)數(shù)，zui多可分析單細(xì)胞中的800個(gè)不同分子。這是利用nCounter Single Cell Gene Expression Assay中的分子條形碼來(lái)實(shí)現(xiàn)的，它識(shí)別特定的RNA分子。單細(xì)胞樣品在裂解后，經(jīng)過(guò)逆轉(zhuǎn)錄和預(yù)擴(kuò)增，隨后與分子條形碼雜交，純化后在nCounter®分析儀上讀取。

哈佛大學(xué)的Hongkun Park研究小組與Broad研究院的Aviv Regev研究小組合作，來(lái)研究看似均質(zhì)細(xì)胞中的基因表達(dá)異質(zhì)性1。Park、Regev及其同事利用一種稱為Smart-Seq的技術(shù)，來(lái)讀取RNA轉(zhuǎn)錄本的覆蓋。與原先的RNA-Seq方法相比，Smart-Seq讓研究人員能夠更詳細(xì)了解mRNA選擇性剪接所產(chǎn)生的異構(gòu)體，同時(shí)更好地鑒定單核苷酸多態(tài)性（SNP）。

通過(guò)計(jì)算機(jī)分析，Regev和Park發(fā)現(xiàn)，mRNA豐度和剪接模式都存在之前未觀察到的雙峰（bimodal）變化，并通過(guò)RNA-熒光原位雜交（FISH）對(duì)精選轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行了驗(yàn)證。如今，他們正在擴(kuò)展樣品類(lèi)型。Park談道：“目前我們正將原代細(xì)胞RNA-Seq方法應(yīng)用在各種免疫細(xì)胞、神經(jīng)細(xì)胞和癌癥細(xì)胞上，以便了解驅(qū)動(dòng)細(xì)胞之間變化的因素、這種變化的動(dòng)力學(xué)及其生物學(xué)影響。”

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原代細(xì)胞