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胚胎植入前診斷（PGD）的PicoPLEX法全基因組拷貝數(shù)變異檢測
閱讀：6107發(fā)布時(shí)間：2018-5-18
低深度全基因組測序已經(jīng)被引入用于植入前遺傳診斷（PGD）中的染色體拷貝數(shù)變異（CNA）檢測。CNA檢測前的單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增以PicoPLEX WGA試劑為佳。
植入前基因篩查和診斷（PGS，PGD）是第三代試管嬰兒技術(shù)，指體外受精（IVF）過程中所做的胚胎或卵母細(xì)胞測試，以便選擇沒有染色體變異或帶有家族遺傳疾病等位基因的胚胎，提高懷孕成功率，降低特定遺傳病的傳遞風(fēng)險(xiǎn)。微陣列比較基因組雜交（arrayCGH）是IVF機(jī)構(gòu)zui常用的PGS技術(shù)。
參考文獻(xiàn)
Springer電子書《分子生物學(xué)方法》：
Deleye L., De Coninck D., Deforce D., Van Nieuwerburgh F. (2018) Genome-Wide Copy Number Alteration Detection in Preimplantation Genetic Diagnosis. In: Head S., Ordoukhanian P., Salomon D. (eds) Next Generation Sequencing. Methods in Molecular Biology, vol 1712. Humana Press, New York, NY
低深度全基因組測序相比arrayCGH有更高的分辨率和信噪比
胚胎植入前遺傳診斷（PGD）染色體變異檢測的傳統(tǒng)方法是微陣列比較基因組雜交（arrayCGH），它的缺點(diǎn)是分辨率不高而且價(jià)格較高。
低深度的全基因組測序可以解決這些問題。
文獻(xiàn)報(bào)道低深度全基因組測序是PGD染色體結(jié)構(gòu)和數(shù)量異常檢測的較好替換方法，15例病人47個(gè)囊胚3Mb以上的大規(guī)模平行測序（MPS）數(shù)據(jù)顯示比基于arrayCGH的PGD更高的分辨率和信噪比。雖然基于MPS的胚胎篩查還沒有長期的臨床數(shù)據(jù)支持，但是已經(jīng)有一些健康寶寶的案例。
低深度全基因組測序需要進(jìn)行單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增。
Picoplex/SurePlex是胚胎植入前遺傳診斷CNA檢測的全基因組擴(kuò)增技術(shù)
試管嬰兒胚胎植入前的檢查使用胚胎第5天的4-7個(gè)滋養(yǎng)層活檢細(xì)胞。
這些細(xì)胞分析前需要對細(xì)胞內(nèi)的基因組DNA進(jìn)行全基因組擴(kuò)增（WGA）。
因?yàn)闃颖镜南∮校ㄖ挥?-7個(gè)細(xì)胞），一般的WGA技術(shù)擴(kuò)增后結(jié)果會(huì)有偏差。
需要根據(jù)應(yīng)用的不同（不同的遺傳多態(tài)類型）選擇不同的WGA方法：
染色體拷貝數(shù)異常（CNA）檢測使用Picoplex/SurePlex方法（Rubicon Genomics公司）較好，這一方法的CNA檢測一致性較高，分辨率有3 MB。
注：SurePlex和PicoPLEX的技術(shù)是一樣的，都是Rubicon Genomics公司的同一技術(shù)。
Picoplex/SurePlex法PGD流程
使用PicoPlex/SurePlex WGA試劑盒擴(kuò)增細(xì)胞。
擴(kuò)增DNA超聲波剪切到200bp。
Illumina測序文庫制備。
Illumina NextSeq500測序儀測序。
結(jié)果
4-6個(gè)囊胚細(xì)胞得到CNV數(shù)據(jù)，zui高達(dá)3Mb。
產(chǎn)品
單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增試劑
PicoPLEX® WGA Kit單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增試劑盒
PicoPLEX WGA Kit被IVF行業(yè)供應(yīng)商如BlueGnome信賴并用于胚胎植入前遺傳學(xué)篩查和診斷(PGS/PGD)。
英文名稱：Rubicon PicoPLEX WGA Kit
中文名稱：單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增試劑盒
品牌：Rubicon Genomics
貨號(hào)：R30050或RB3050（TAKARA版）
用途：卵裂球和滋養(yǎng)外胚層細(xì)胞的植入前基因篩查（PGS）和需要單細(xì)胞擴(kuò)增的循環(huán)腫瘤細(xì)胞（CTC）中的CNV檢測。
從單細(xì)胞中擴(kuò)增DNA構(gòu)建高重復(fù)性的文庫現(xiàn)在成為可能！PicoPLEX WGA kit采用技術(shù)，設(shè)計(jì)、優(yōu)化用于從單細(xì)胞中擴(kuò)增單拷貝基因組DNA。便捷的單管操作流程減少了手動(dòng)操作的失誤，縮短了獲得結(jié)果的時(shí)間并降低背景。PicoPLEX WGA Kit同樣也可用于6 pg至50 pg的純化gDNA，并兼容微陣列比較基因組雜交（array CGH）分析及PCR。
DNA超聲波打斷管
Covaris DNA打斷管 貨號(hào)：520045
Illumina測序文庫制備試劑
NEBNext Ultra II kit
Illumina NextSeq500上機(jī)測序試劑
華雅旗下紅榮微再主營醫(yī)療核酸保存文庫擴(kuò)增等產(chǎn)品，授權(quán)代理(上海）Rubicon Genomics單細(xì)胞文庫擴(kuò)增試劑。
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