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Picoplex：植入前基因篩查診斷單細胞文庫構(gòu)建技術(shù)
閱讀：3175發(fā)布時間：2018-3-12
微陣列（arrays）分析是zui廣泛使用的PGS技術(shù)。
PicoPLEX全基因組擴增技術(shù)已經(jīng)成為PGS的標準擴增技術(shù)。
植入前基因篩查和診斷（PGS，PGD）指體外受精（IVF）過程中所做的胚胎或卵母細胞測試，以便選擇沒有染色體變異或帶有家族遺傳疾病等位基因的胚胎，提高懷孕成功率，降低特定遺傳病的傳遞風險。微陣列分析是IVF機構(gòu)zui常用的PGS技術(shù)，應(yīng)用PicoPLEX技術(shù)的好幾種試劑盒被廣泛使用。包括Illumina’s 24Sure 微陣列（原 BlueGnome’s 24Sure）, Perkin Elmer’s KaryoLite BoBs developed for PGS和 Oxford Gene Technology’s CytoSure™ 微陣列。不過實驗室研究趨向是使用低深度的新一代測序（NGS）替代微陣列，PicoPLEX DNA-seq正好滿足這種需求。
植入前基因篩查診斷流程
首先從受精卵吸取一個極體或者從受精后第三天的5到10個胚胎細胞吸取單細胞。裂解細胞后，釋放出來的DNA進行擴增，所得產(chǎn)物標記后與含有目標基因組的微陣列雜交。分析軟件會識別出拷貝數(shù)變異。具有高穩(wěn)定性和可再現(xiàn)性，PicoPLEX全基因組擴增技術(shù)已經(jīng)成為PGS的標準擴增技術(shù)。這一技術(shù)也適用任何單細胞樣品和皮克級純化DNA的基因特征分析。
胚胎細胞（極體 卵裂 囊胚）——PicoPLEX試劑（裂解擴增DNA）——微陣列雜交——染色體變異分析
PicoPLEX技術(shù)
PicoPLEX使用非互補引物進行隨機引物延伸，所得文庫系統(tǒng)偏差高，而隨機偏差極低。
引物特點：隨機引物延伸和非互補引物
文庫特征：高系統(tǒng)偏差 低隨機偏差
* US patent 7,803,550 and EP1924704
PicoPLEX® WGA Kit
植入前基因篩查（PGS）PicoPLEX®單細胞擴增試劑盒
從單細胞中擴增DNA構(gòu)建高重復(fù)性的文庫現(xiàn)在成為可能。PicoPLEX WGA kit采用技術(shù)，設(shè)計、優(yōu)化用于從單細胞中擴增單拷貝基因組DNA。起始量低至單細胞或6pg基因組DNA。便捷的單管操作流程減少失誤，節(jié)省時間并降低反應(yīng)背景。
PicoPLEX WGA Kit兼容微陣列比較基因組雜交（array CGH）分析及PCR平臺，被試管嬰兒行業(yè)供應(yīng)商如BlueGnome信賴并用于PGS/PGD。
操作流程
單管，三步。在1個PCR管或微孔中3個小時即可完成。無需樣品純化和轉(zhuǎn)移過程，降低了樣品損失，避免了操作污染和操作誤差。
單細胞擴增再現(xiàn)性良好
腫瘤細胞經(jīng)流式細胞術(shù)分選后，采用PicoPLEX WGA Kit 擴增。每個細胞（藍色曲線）擴增比率相同，并且預(yù)期產(chǎn)量相同。不含細胞的樣品（綠色曲線；空白模板對照）顯示非常低的背景。
適用CNV分析
CNV（拷貝數(shù)變異）分析：單個卵裂球樣品采用PicoPLEX WGA Kit擴増，標記后與BlueGnome®24sure® arrays雜交（Genesis Genetics Institute），結(jié)果清晰地顯示了拷貝數(shù)變異。2011年ESHRE （歐洲人類生殖與胚胎學(xué)會）的臨床實驗證明了采用PicoPLEX 技術(shù)進行人類染色體核型分析的準確性。
PicoPLEX技術(shù)
技術(shù)優(yōu)勢：利用特殊隨機引物（Quasi-random primer）引發(fā)線性擴增進行全基因組擴增。
相比于以往的PCR、MDA、MALBC為基礎(chǔ)的單細胞全基因組擴增技術(shù)，操作簡單快速。擴增zui大優(yōu)勢：再現(xiàn)性良好。
PicoPLEX技術(shù)：單細胞在單管或單孔中裂解。在預(yù)擴增過程中，特殊隨機引物與基因組DNA結(jié)合延伸，形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)文庫，在接下來的擴增中，只有發(fā)夾結(jié)構(gòu)的文庫被擴增。
（中文版：單細胞 細胞裂解 模版DNA 變性與回收模版 退火引物 引物延伸 變性與引物重連 延伸；莖環(huán)形文庫收集 擴增
*步：細胞裂解；第二步：預(yù)擴增 采用特殊隨機引物選擇性結(jié)合基因組DNA后進行擴增；第三步：擴增 使用含有illumina index的引物進行擴增）
應(yīng)用
拷貝數(shù)變異分析-CNV（aCGH）
單核苷酸多態(tài)性分型-SNP
基因突變篩查-PCR
不能直接應(yīng)用NGS，PicoPLEX DNA-seq Kit可以直接應(yīng)用NGS。
擴展產(chǎn)品
PicoPLEX DNA-Seq (Picoseq) 技術(shù)在PicoPLEX WGA技術(shù)的基礎(chǔ)上發(fā)展，擴增部分與PicoPLEX類似，但是在擴增的第二步，會加入Illumina接頭和index（條形碼）。
訂購信息
貨號 | 產(chǎn)品名稱 | 包裝 |
RB3050/R30050 | PicoPLEX WGA Kit單細胞基因組擴增試劑盒，array CGH、PCR分析用 | 50次反應(yīng) |
RB3381/R300381 | PicoPLEX DNA-seq Kit，48種雙端Illumina indexes | 48次反應(yīng) |
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