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在2022年3月舉行的美國人類蛋白質(zhì)組組織(US HUPO)年會上，來自位于馬薩諸塞州弗雷明翰的SCIEX科學(xué)家們提供了原始數(shù)據(jù)證明，該公司由生命科學(xué)*頭Danaher所有，該公司的Echo MS系統(tǒng)可以每秒檢測多達(dá)三個樣本，應(yīng)用于肽段定量工作流程分析肽段，該工作流程利用穩(wěn)定同位素標(biāo)記并通過抗肽抗體（SISCAPA）捕獲肽段。

SCIEX液相和集成解決方案高級總監(jiān)Gavin Fischer表示，該公司現(xiàn)在開始使用基于上述系統(tǒng)，開發(fā)肽段定量應(yīng)用。他補(bǔ)充道，雖然其最初的目標(biāo)是生物制藥工作流程中的肽段定量，但也可以擴(kuò)展到蛋白生物標(biāo)記物研究。Fischer說，公司研究人員在方法開發(fā)過程中，使用了一組來源于SARS-CoV-2核衣殼蛋白的20個肽段。

Echo MS系統(tǒng)是SCIEX和Labcyte合作開發(fā)的，該系統(tǒng)使用聲波激發(fā)液體處理將樣品快速噴射到質(zhì)譜儀中。SCIEX于2020年推出該系統(tǒng)，并已將其主要用于小分子分析方法。在美國HUPO上的詳細(xì)工作展示，旨在表明該系統(tǒng)也可用于分析肽段和蛋白質(zhì)等大分子。

Echo MS系統(tǒng)可能會引起蛋白生物標(biāo)記物研究人員的興趣，因為它將允許進(jìn)行超高通量實驗。例如，F(xiàn)ischer指出，在探索使用該設(shè)備進(jìn)行肽段測定的第一個項目中，SCIEX團(tuán)隊在含有約100個肽段的β-半乳糖苷酶蛋白質(zhì)的消化物中定量了一對β-半乳糖苷酶肽段。通過Echo MS系統(tǒng)，能夠在5小時內(nèi)對10260個樣本中的2種肽段進(jìn)行定量。如果使用傳統(tǒng)的液相色譜質(zhì)譜儀進(jìn)行同樣的實驗，需要運(yùn)行大約7分鐘的液相色譜梯度，那么幾乎需要50天的全天候質(zhì)譜檢測工作。“我們正在研究高通量肽段定量，”Fischer說，并指出研究人員將系統(tǒng)設(shè)置為每1.5秒分析一個樣本。“我們在整個樣品板上獲得了很好的重現(xiàn)性，很好的變異系數(shù)。”

SCIEX團(tuán)隊遵循最初的Echo MS系統(tǒng)工作流程，使用SISCAPA工作流程進(jìn)行實驗，該工作流程使用前期抗體富集目標(biāo)肽段來測定20個SARS-CoV-2肽段。SCIEX首席應(yīng)用科學(xué)家兼該項目負(fù)責(zé)人Christie Hunter在一封電子郵件中表示，SISCAPA是一種很有前途的利用Echo MS系統(tǒng)進(jìn)行蛋白定量的技術(shù)，因為前期抗體富集足以簡化樣品，使其在無需液相分離的情況下即可進(jìn)行分析。

她指出：“這里的關(guān)鍵是找到正確的前期樣品制備方法，簡化蛋白組學(xué)樣品，從而使液體流動注射方法可行。” “目標(biāo)肽段的抗體富集非常引人注目方法，是與Echo MS系統(tǒng)配對的合適樣品制備工作流程，高度自動化，執(zhí)行速度快，制備出高度富集的樣品，并且可以根據(jù)目標(biāo)蛋白的靈敏度進(jìn)行調(diào)整。” 她補(bǔ)充說，這樣的工作流程“可以針對那些有大量蛋白質(zhì)組樣本需要分析并想要定量一小部分蛋白質(zhì)的實驗室。”

Fischer說，研究人員研究了20種肽段的定量限(LOQ)，發(fā)現(xiàn)該系統(tǒng)采用比較靈敏的肽段分析方法平均LOQ為1 fmol/µL，可將其目標(biāo)分析物定量至0.4 fmol/µL至3.7 fmol/µL。“[美國HUPO]的演示，非常有力地證明了我們的儀器可以做非小分子的工作，”他補(bǔ)充說，公司現(xiàn)在計劃“在Echo MS系統(tǒng)上測試更大的分子和不同質(zhì)量的分子，并在更多的工作流程擴(kuò)展到更多的市場時，向客戶演示該系統(tǒng)實用性。”

當(dāng)被問及該系統(tǒng)是否可以用于血漿中肽段的靶向定量等應(yīng)用時，F(xiàn)ischer表示，公司尚未通過實驗證明這一點，但“有理論證據(jù)相信這個應(yīng)用可以實現(xiàn)。”他指出，SCIEX已證明該系統(tǒng)能夠定量血漿中的小分子。

他說：“我們正致力于將[這項技術(shù)]應(yīng)用到更多不同的基質(zhì)中，并探索更大尺寸的包膜蛋白分析，從肽段到完整蛋白。” “我們將繼續(xù)打破所有這些研究方向的邊界。”公司將尋求將該技術(shù)應(yīng)用于其他市場，包括潛在的蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物研究。

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