Hitachi氨基酸分析儀的測定原理是利用樣品各種氨基酸組分的結構不同、酸堿性、極性及分子大小不同，在陽離子交換柱上將它們分離，
Hitachi氨基酸分析儀采用不同pH值離子濃度的緩沖液將各氨基酸組分依次洗脫下來，再逐個以另*路的茚三酮試劑混合，然后共同流至螺旋反應管中，于一定溫度下（通常為115~120℃）進行顯色反應，形成在570nm有zui大吸收的藍紫色產物。其中的羥脯氨酸與茚三酮反應生成黃色產物，其zui大吸收在440nm。
Hitachi氨基酸分析儀可以成功地分離和定量氨基酸，雖然其分離和定量效果依儀器不同有所差別，但各Hitachi氨基酸分析儀過程類似，均包括水解、標記、分離和檢測以及隨后的數據分析幾步。
帶有數據處理機的Hitachi氨基酸分析儀，各種氨基酸的定量結果能自動打印出來，否則，可用尺子測量峰高或用峰高乘以半峰寬確定峰面積進而計算出氨基酸的含量。另外，根據峰出現的時間可以確定氨基酸的種類。
通常Hitachi氨基酸分析儀細分為兩種系統(tǒng)：蛋白水解分析系統(tǒng)（鈉鹽系統(tǒng)）和游離氨基酸分析系統(tǒng)（鋰鹽系統(tǒng)），利用不同濃度和pH值的檸檬酸鈉或檸檬酸鋰進行梯度洗脫。其中鈉鹽系統(tǒng)一次zui多分析約25種氨基酸，速度較快，基線平直度好；鋰鹽系統(tǒng)一次zui多分析約50種氨基酸，速度較慢，基線一般不如鈉鹽系統(tǒng)好。
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