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Catherine Oikonomou是加州理工學(xué)院Grant Jensen實(shí)驗(yàn)室的一名研究科學(xué)家。她與Grant一起共事約 9 年,研究方向?yàn)榛诶鋬鲭娮訑鄬訏呙瑁╟ryo-ET)技術(shù)的結(jié)構(gòu)細(xì)胞生物學(xué)。
Grant 最喜歡引用偉大的已故加州理工學(xué)院物理學(xué)家 Richard Feynman 的名言來介紹他們的工作:
對于諸多基本的生物學(xué)問題,要想找到答案是非常容易的:直接去看就好了!
要想了解細(xì)胞的工作原理,他們認(rèn)為較好的方法是用冷凍電鏡來進(jìn)行直接觀察,而使用cryo-ET可以更直觀地觀察到細(xì)胞內(nèi)的三維結(jié)構(gòu)。
了解細(xì)胞冷凍電子斷層掃描技術(shù)
使用細(xì)胞冷凍電子斷層掃描技術(shù),無需脫水或染色,只要將其原生狀態(tài)保存在玻璃態(tài)冰中即可觀察到完整的細(xì)胞內(nèi)部結(jié)構(gòu)。使用該技術(shù)可觀察到大分子復(fù)合物在細(xì)胞內(nèi)的的形狀和分布。這其中不僅僅是一個單一的蛋白質(zhì)或復(fù)合物,而是冷凍瞬間細(xì)胞內(nèi)部的生物機(jī)制。正如 Feynman 所預(yù)言的,這種先進(jìn)的技術(shù)為我們提供了關(guān)于細(xì)胞生物學(xué)的諸多基本問題的答案——甚至還包括最小的單細(xì)胞生物:細(xì)菌和古生菌。
細(xì)菌通過組裝專門的 IV 型分泌系統(tǒng) (T4SS),將molecular cargo注入到靶細(xì)胞內(nèi)。利用冷凍電子斷層掃描技術(shù),科學(xué)家 Chang 和 Shaffer 等人第一次公布了與體內(nèi)癌癥相關(guān)的 T4SS 結(jié)構(gòu),并解析了幽門螺桿菌遇到胃上皮細(xì)胞時所產(chǎn)生的*的膜質(zhì)附屬物結(jié)構(gòu)。(圖片 © 2016 Oikonomou, C., Chang, YW. & Jensen, G. Nat Rev Microbiol 14, 205–220)
在這種新技術(shù)的推動下,我們對結(jié)構(gòu)微生物學(xué)的理解飛速發(fā)展,但相關(guān)教育的推進(jìn)速度卻要慢得多。細(xì)胞生物學(xué)和微生物學(xué)的教科書不僅更新速度緩慢,過程也十分艱難。這樣一來,學(xué)生們從書本中往往了解到的是幾十年前的科學(xué)發(fā)現(xiàn),沒有機(jī)會看到我們在近十年中取得的知識飛躍。由于冷凍電鏡價格昂貴,只能由受過嚴(yán)格訓(xùn)練的專家來操作,所以學(xué)生們也沒有機(jī)會親自感受冷凍電鏡的魅力。
自從 Grant 2002 年在加州理工學(xué)院創(chuàng)辦實(shí)驗(yàn)室以來,他們小組的科學(xué)家已經(jīng)獲得了超過 40000 張的細(xì)胞斷層圖。為了探索生物學(xué)問題的答案,他們已經(jīng)用冷凍電鏡觀察了幾十個不同菌種的細(xì)菌和古生菌。他們將相關(guān)的研究成果發(fā)表,并在 2018 年開始探索如何通過建立一個廣泛的、基于區(qū)塊鏈的公共數(shù)據(jù)庫,與科學(xué)界共享所有的數(shù)據(jù)。此外,我們也認(rèn)為這些圖像可以吸引更廣泛的受眾,比如非專業(yè)人員——無論是醫(yī)學(xué)實(shí)習(xí)生還是生物學(xué)愛好者——都會希望可以看到細(xì)菌和古生菌的真實(shí)面貌。
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2020 年 12 月,Jensen Lab在加州理工學(xué)院圖書館上線了網(wǎng)絡(luò)版《細(xì)菌和古生菌細(xì)胞結(jié)構(gòu)圖集》。這是一本免費(fèi)的教科書,以寓教于樂的方式講解冷凍電子斷層掃描技術(shù),并根據(jù)當(dāng)前技術(shù)成果及時更新內(nèi)容。
《細(xì)菌和古生菌細(xì)胞結(jié)構(gòu)圖集》作為一本開源多媒體教科書,以從未有過的形式展示了微生物細(xì)胞內(nèi)部結(jié)構(gòu),其中包含有大約 150 組效果非常好的冷凍斷層掃描圖像及動畫。
—— 詹森實(shí)驗(yàn)室 (@theJensenLab) 2020年12月23日
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Catherine Oikonomou 是加州理工學(xué)院Jensen實(shí)驗(yàn)室的一名研究科學(xué)家。《細(xì)菌和古生菌細(xì)胞結(jié)構(gòu)圖集》由 Oikonomou 和Jensen實(shí)驗(yàn)室研究員 Grant Jensen 與加州理工學(xué)院圖書館聯(lián)合推出。
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