RNA綁定的DNA和蛋白相互作用: CHIRP
免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)(Chromatin Isolation by RNA Purification, CHIRP)是-種檢測(cè)體內(nèi)與RNA綁定的DNA和蛋白相互作用的方法,可同時(shí)分析IncRNAcircRNA、蛋白及DNA三者互作關(guān)系。
CHIRP實(shí)驗(yàn)意義
IncRNA可與蛋白質(zhì)、DNA和RNA相互作用,實(shí)現(xiàn)多樣化功能,CHIRP可以探討IncRNA與其互作的DNA.蛋白質(zhì)的功能與作用機(jī)制,是相關(guān)科學(xué)研究工作的有力工具。IncRNA的研究在表觀遺傳調(diào)控等生命活動(dòng)中發(fā)揮重要作用,CHIRP是研究
IncRNA的重要技術(shù)手段,可在全基因組范圍內(nèi)鑒定RNA與染色質(zhì)的互作,并對(duì)其進(jìn)行定性、定量及定位的分析。
CHIRP實(shí)驗(yàn)原理
CHIRP (Chromatin Isolation by RNA Purification)是通過(guò)結(jié)合生物素的核酸探針,將目標(biāo)RNA拉下來(lái),與之共同作用的DNA染色體片段(DNA與蛋白質(zhì)復(fù)合體)就會(huì)被吸附下來(lái),后可以通過(guò)qRT-PCR. WB.測(cè)序分析和質(zhì)譜分析等檢測(cè)RNA. DNA和蛋白質(zhì)。
CHIRP的實(shí)驗(yàn)流程
①探針設(shè)計(jì):設(shè)計(jì)反義穿核苷酸探針:
②細(xì)胞培養(yǎng);
③破碎細(xì)胞:
④生物素標(biāo)記的DNA探針與RNA雜交;
⑤CHIRP;
⑥RNA、DNA及核酸結(jié)合蛋白提取; .
⑦分析檢測(cè)。,
結(jié)果展示
實(shí)驗(yàn)完成周期及交付標(biāo)準(zhǔn)
1.實(shí)驗(yàn)周期: 1-3個(gè)月
2.交付標(biāo)準(zhǔn): CHIRP鑒定結(jié)果報(bào)告、分析報(bào)告、實(shí)驗(yàn)報(bào)告(試劑、 耗材、實(shí)驗(yàn)步驟)、原始數(shù)據(jù)等
實(shí)驗(yàn)需與客戶確認(rèn)的信息
1.目的基因與蛋白信息。
2.樣本類型與種屬
3.是否需要生信分析
參考文獻(xiàn)
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