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生物芯片技術(shù)的應(yīng)用研究進(jìn)展

閱讀:5392          發(fā)布時(shí)間:2009-9-10

生物芯片(biochip)是指采用光導(dǎo)原位合成或微量點(diǎn)樣等方法,將大量生物大分子比如核酸片段、多肽分子甚至組織切片、細(xì)胞等等生物樣品有序地固化于支持物(如玻片、硅片、聚丙烯酰胺凝膠、尼龍膜等載體)的表面,組成密集二維分子排列,然后與已標(biāo)記的待測(cè)生物樣品中靶分子雜交,通過特定的儀器比如激光共聚焦掃描或電荷偶聯(lián)攝影像機(jī)(CCD)對(duì)雜交信號(hào)的強(qiáng)度進(jìn)行快速、并行、地檢測(cè)分析,從而判斷樣品中靶分子的數(shù)量。目前常見的生物芯片主要分為3大類:即基因芯片(Geneehip, DNAchip,DNAmi croarray)、蛋白質(zhì)芯片(Proteinchip)、芯片實(shí)驗(yàn)室(Lab-on-a-chip)等。

1生物芯片的應(yīng)用

1.1測(cè)序

基因芯片利用固定探針與樣品進(jìn)行分子雜交產(chǎn)生的雜交圖譜而排列出待測(cè)樣品的序列.這種測(cè)定方法快速而具有十分誘人的前景。Mark chee等用含135 000個(gè)寡核苷酸探針的陣列測(cè)定了全長(zhǎng)為16.6kb的人線粒體基因組序列,準(zhǔn)確率達(dá)99%。Hacia等用含有48 000個(gè)寡核苷酸的高密度微陣列分析了黑猩猩和人BRCAl基因序列差異,結(jié)果發(fā)現(xiàn)在外顯子1l約3.4kb長(zhǎng)度范圍內(nèi)的核酸序列同源性為98.2%-83.5%。提示了二者在進(jìn)化上的高度相似性。

1.2疾病診斷

基因芯片在感染性疾病、遺傳性疾病、重癥傳染病和惡性腫瘤等疾病的臨床診斷方面具有*的優(yōu)勢(shì)。與傳統(tǒng)檢測(cè)方法相比,它可以在一張芯片同時(shí)對(duì)多個(gè)病人進(jìn)行多種疾病的檢測(cè),無需機(jī)體免疫應(yīng)答反應(yīng)期,能及早診斷,待測(cè)樣品用量?。荒芴禺愋詸z測(cè)病原微生物的亞型及變異;可幫助醫(yī)生及患者從“系統(tǒng)、血管、組織和細(xì)胞層次(通常稱之為‘第二階段醫(yī)學(xué)’)”轉(zhuǎn)變到“DNA、RNA、蛋白質(zhì)及其相互作用層次(第三階段醫(yī)學(xué))”上了解疾病的發(fā)生、發(fā)展過程,這些特點(diǎn)使得醫(yī)務(wù)人員在短時(shí)間內(nèi).可以掌握大量的疾病診斷信息,這些信息有助于醫(yī)生在短時(shí)間內(nèi)找到正確的治療措施。

1.3藥物篩選

芯片技術(shù)具有高通量、大規(guī)模、平行性等特點(diǎn)可以進(jìn)行新藥的篩選,尤其對(duì)我國(guó)傳統(tǒng)的中藥有效成分進(jìn)行篩選。基因芯片對(duì)于藥物靶標(biāo)的發(fā)現(xiàn)、多靶位同步高通量藥物篩選、藥物作用的分子機(jī)理、藥物活性及毒性評(píng)價(jià)方面都有其它方法*的性,能夠從基因水平解釋藥物的作用機(jī)理,可以用基因芯片分析用藥前后機(jī)體的不同組織、器官基因表達(dá)的差異,國(guó)外幾乎所有的主要制藥公司都不同程度地采用了基因芯片技術(shù)來尋找藥物靶標(biāo).查檢藥物的毒性或副作用。例如,Kapp U等用包含950個(gè)基因探針的基因芯片比較何杰金氏病細(xì)胞系L428及KMH2與EB病的B淋巴細(xì)胞系LGL-GK的基因表達(dá)譜,發(fā)現(xiàn)何杰金氏病源的細(xì)胞系中自細(xì)胞介素-13(IL-13)及白細(xì)胞介素一5(IL-5)表達(dá)異常增高,用IL-13抗體處理何杰金氏病源細(xì)胞系可顯著抑制其增殖,此發(fā)現(xiàn)提示,IL-13可能以自分泌形式促進(jìn)何杰金氏相關(guān)細(xì)胞增殖,IL-13及其信號(hào)傳導(dǎo)途徑可能成為何杰金氏病治療及藥物篩選的新靶點(diǎn)。芯片用于大規(guī)模的藥物篩選研究可以省略大量的動(dòng)物試驗(yàn),縮短藥物篩選所用時(shí)間,這可大大節(jié)省新藥開發(fā)經(jīng)費(fèi),并且可對(duì)由于不良反應(yīng)而放棄的藥物進(jìn)行重新評(píng)價(jià),選取可適用的患者群,實(shí)現(xiàn)個(gè)性化治療。Michael Wilson等使用包含有肺結(jié)核桿菌基因組PRF的97%的序列的基因芯片,對(duì)應(yīng)用抗結(jié)核桿菌藥物異煙肼誘導(dǎo)前后表達(dá)的變化,結(jié)果證明肺結(jié)核桿菌中脂肪酸合成酶Ⅱ、FbpC、ef- pA、fadE23、fadE24和基因發(fā)生改變與耐藥性有關(guān),并為新藥物作用的靶目標(biāo)研究及指導(dǎo)抑制這些靶目標(biāo)試劑和藥物的合成提供指導(dǎo)問。研究各種藥物對(duì)不同基因的作用,從而在劑量和成分搭配上做到無誤。相信在不久的將來,藥品說明書上的適用癥和禁忌癥都會(huì)改為適用基因型和禁忌基因型,使得藥品更加針對(duì)不同個(gè)體的不同疾病,達(dá)到療效更佳、副作用更小的目的。

1.4個(gè)性化給藥

臨床上.同樣藥物的劑量對(duì)病人甲有效可能對(duì)病人乙不起作用,而對(duì)病人丙則可能有副作用。在藥物療效與副作用方面,病人的反應(yīng)差異很大。這主要是由于病人遺傳學(xué)上存在差異,如藥物應(yīng)答基因,導(dǎo)致對(duì)藥物產(chǎn)生不同的反應(yīng)。例如細(xì)胞色素P450酶與大約25%廣泛使用的藥物的代謝有關(guān),如果病人該酶的基因發(fā)生突變就會(huì)對(duì)降壓藥異喹胍產(chǎn)生明顯的副作用.5%~10%的高加索人缺乏該酶基因的活性?,F(xiàn)已弄清楚這類基因存在廣泛變異,這些變異除對(duì)藥物產(chǎn)生不同反應(yīng)外,還與易犯各種疾病如腫瘤、自身免疫病和帕金森病有關(guān)。如果利用基因芯片技術(shù)對(duì)患者行診斷,再開處方,就可對(duì)病人實(shí)施個(gè)體優(yōu)化治療。另一方面,在治療中,很多同種疾病的具體病因是因人而異的,用藥也應(yīng)因人而異。例如現(xiàn)用于治療AIDS的藥物主要是病毒逆轉(zhuǎn)錄酶RT和蛋白酶PRO的抑制劑,但在用藥3-12月后常出現(xiàn)耐藥,其原因是rt、pro基因產(chǎn)生一個(gè)或多個(gè)點(diǎn)突變。Rt基因4個(gè)常見突變位點(diǎn)是Asp67--*Asn、 Lys70→ATg、hr215→Phe、Tyr和Lv6219→Glu,4個(gè)位點(diǎn)均突變較單一位點(diǎn)突變后對(duì)藥物的耐受能力成百倍增加。如將這些基因突變部位的全部序列構(gòu)建為DNA芯片,則可快速地檢測(cè)病人是哪些基因發(fā)生突變,從而對(duì)癥下藥,所以對(duì)指導(dǎo)治療和預(yù)后有很大的意義。

1.5預(yù)防醫(yī)學(xué)

在嬰兒出生前,可用生物芯片進(jìn)行有效的產(chǎn)前篩查和診斷,防止患有先天性疾病的嬰兒出生。而在嬰兒出生后,即可采用基因芯片技術(shù)來分析其基因圖譜.不僅可預(yù)測(cè)出他日后可以長(zhǎng)多高,還可預(yù)測(cè)其患某些疾病的潛在可能性有多大,以便采取預(yù)防措施。

2 生物芯片國(guó)外發(fā)展現(xiàn)狀及我國(guó)前景展望   

自從1996年美國(guó)Affymetrix公司成功地制作出世界上*用于藥物篩選和實(shí)驗(yàn)室試驗(yàn)用的生物芯片,并制作出芯片系統(tǒng),此后世界各國(guó)在芯片研究方面快速前進(jìn),不斷有新的突破。美國(guó)的Hyseq公司、Syntexi公司、Nanogen公司、Incyte公司及日本、歐洲各國(guó)都積極開展DNA芯片研究工作:摩托羅拉、惠普、IBM等跨國(guó)公司也相繼投以巨資開展芯片研究。1998年12月Affymefrix公司和 Molecular Dynamics公司宣布成立基因分析協(xié)會(huì)(Genetic Analysis Technology Consortium)以制定一個(gè)統(tǒng)一的技術(shù)平臺(tái)生產(chǎn)更有效而價(jià)廉的設(shè)備,與此相呼應(yīng),英國(guó)的Amer. shcem Pharmacia Biotechnology公司也在同一天宣布將提供部分掌握的技術(shù)以推動(dòng)這項(xiàng)技術(shù)的應(yīng)用。美國(guó)關(guān)于芯片技術(shù)召開了2次會(huì)議,*總統(tǒng)在會(huì)上高度贊賞和肯定該技術(shù),將基因芯片看作是保證一生健康的指南針。預(yù)計(jì)在今后5年內(nèi)生物芯片銷售可達(dá)200-300億美元:據(jù)《財(cái)富》雜志預(yù)測(cè)(97.3),在21世紀(jì),生物芯片對(duì)人類的影響將可能超過微電子芯片。

 我國(guó)芯片技術(shù)的研究也緊跟前沿.現(xiàn)在以中科院上海冶金所為,與上海原子核所、有機(jī)所、生化所、遺傳所、腫瘤所、武漢病毒所、上海醫(yī)科大學(xué)、上海市疾病檢測(cè)中心、華東師大等單位組成強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合,在微陣列芯片和基于MEBS的芯片方面有大的突破,在DNA芯片設(shè)計(jì)、基片修飾、探針固定、樣品標(biāo)記、雜交和檢測(cè)等方面的技術(shù)都有較大的進(jìn)展,已研制出肝癌基因差異表達(dá)芯片、乙肝病毒多態(tài)性檢測(cè)芯片、多種惡性腫瘤病毒基因芯片等有一定實(shí)用意義的基因芯片和DNA芯片檢測(cè)儀樣機(jī)。中科院上海冶金所等又將在徐元森院士、趙建龍博士等帶領(lǐng)下,決心開發(fā)重大傳染性疾病的診斷芯片及檢測(cè)設(shè)備,如 HBV、HCV、TB3種基因診斷芯片。上海細(xì)胞所正在進(jìn)行人類全套基因組的CDNA陣列和微陣列制備,為我國(guó)科研和開發(fā)提供一個(gè)技術(shù)平臺(tái),并使之產(chǎn)業(yè)化。同時(shí),清華、復(fù)旦、東南大學(xué)、北京軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院、華東理工大學(xué)、*軍醫(yī)大學(xué)等單位都在積極進(jìn)行芯片研究。生物芯片的發(fā)展將對(duì)我國(guó)生命科學(xué)研究,醫(yī)學(xué)診斷,新藥篩選具有革命性的推動(dòng)作用,也將對(duì)我國(guó)人口素質(zhì)、農(nóng)業(yè)發(fā)展、環(huán)境保護(hù)等作出巨大的貢獻(xiàn),同時(shí)帶動(dòng)我國(guó)科學(xué)整體進(jìn)步,為各相關(guān)高科技產(chǎn)業(yè)創(chuàng)造機(jī)會(huì)。生物芯片技術(shù)將成為21世紀(jì)zui令人注目的高新技術(shù)領(lǐng)域之一,將使人類早日進(jìn)入生物信息時(shí)代。

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