小角X-射線散射廣泛應用于結(jié)構(gòu)生物學來確定蛋白質(zhì)的尺寸和形狀。溶液中的生物大分子可以以多種構(gòu)象存在,并且一般具有很強的團聚傾向,在沒有預先純化的情況下,對此類分子的數(shù)據(jù)解釋有時會很繁瑣。
分子排阻凝膠色譜 (SEC) 能夠根據(jù)分子的大小進行分離。SEC 與SAXS 聯(lián)用可以顯著提高數(shù)據(jù)質(zhì)量,從而提高數(shù)據(jù)解釋的準確性。
簡介
小角X-射線散射 (SAXS) 是生物化學等大分子樣品研究中常用的方法。在過去的幾年里,由于光束傳輸(第3代和第4代同步加速器、現(xiàn)代實驗室X-射線源)、探測技術和數(shù)據(jù)解析方面的進步,SAXS 測量取得了顯著的增長。
在現(xiàn)代同步加速器設備中,分子排阻凝膠色譜 (SEC) 是在SAXS線站上建立的一種制備方法。尺寸不同的分子混合物(如單體、二聚體等)經(jīng)過SEC純化,可以得到單分散組分。其基本原理是不同尺寸的大分子在多孔色譜樹脂上的停留時間不同。因此,大分子比小分子的洗脫速度快,使得按大小將單個的餾分分開。SEC實驗通常是通過紫外吸收測量來確定哪個時間哪個組分被洗脫。
實驗室儀器的進展(如基于液態(tài)金屬靶材或高功率的封閉靶等高性能SAXS儀器)使得這種方法也可以適用于實驗室設備,為研究和常規(guī)測量提供了更多的可能性。
這里我們所示的SEC-SAXS 聯(lián)合實驗是在安東帕的SAXSpace儀器上對HSA蛋白樣品進行的,以說明在實驗室儀器上進行測量的潛力。
實驗細節(jié)和討論
使用標準的FPLC系統(tǒng)和安東帕SAXSpace儀器搭建在線SEC–SAXS 。由于在線測量的性質(zhì),樣品的特定組分從SEC柱中洗脫時直接測量。
利用現(xiàn)代實驗室SAXS儀器的高通量,可以在短時間內(nèi)獲得足夠好信噪比的蛋白質(zhì)散射數(shù)據(jù)。
圖 1: SEC-SAXS 裝置所示 SAXSpace 儀器 (前)
和 GE Äkta Pure 25 (后)
通過將人血清白蛋白HSA溶解到緩沖溶液中,制備了人血清白蛋白樣品溶夜。所使用的緩沖溶液 (pH 7.5) 組分為20 mM 三(三(羥甲基)氨基甲烷)、150 mMol NaCl和3 % 的甘油。終HSA濃度為20 mg/mL。
樣品在注射到SEC柱之前沒有經(jīng)過進一步的純化。使用GE Äkta Pure 25 FPLC儀器進行了分子排阻色譜分析。表1總結(jié)了SEC實驗詳細設置參數(shù)。
表 1: SEC 測量的實驗設置
SAXSpace 儀器的FlowCell中的管子可直接連接到Äkta Pure 25 SEC 儀器UV 傳感器的出口,以盡量減小管子長度。
樣品已注射到SEC柱上,沒有進一步凈化。對于SEC運行,得到圖2所示的色譜圖。單體的信號(尖銳強峰)和低聚物的信號(主信號前的小峰)可以清楚地識別出來。
圖 2: HAS蛋白樣品的SEC色譜圖。 單體峰位由灰色虛線表示。單體洗脫前的峰對應不同的低聚物
SAXS測試是使用安東帕SAXSpace儀器進行的。表2總結(jié)使用的實驗參數(shù)。
表 2: HAS蛋白SEC-SAXS測試的實驗設置
對單體蛋白質(zhì)分子的原始散射數(shù)據(jù)進行進一步的分析。確定了單體洗脫峰的散射曲線,并取其平均值。總共得到了這個區(qū)域內(nèi)具有恒定散射曲線的10幀數(shù)據(jù)。然后使用 SAXSanalysis 軟件對這10幀數(shù)據(jù)進行平均并進行背景扣除(圖 3a)
即使在總共只有100 s的極短曝光時間內(nèi),也能獲得*的數(shù)據(jù)質(zhì)量。這允許使用SAXSanalysis 對散射曲線進行Guinier外推來計算回轉(zhuǎn)半徑(Rg)。
Rg值為2.8 nm,這與文獻值吻合較好。
為了獲得實空間結(jié)構(gòu)的信息,利用GIFT軟件對散射曲線進行了傅里葉變換。圖 3b所示的是對距離分布函數(shù)(pddf)結(jié)果,顯示的是dmax約為10.4 nm的典型單分散蛋白結(jié)構(gòu)的pddf。
圖3:(a)實驗測試散射曲線與GIFT軟件擬合曲線吻合
(b)GIFT軟件的IFT計算的對距離分布函數(shù)PDDF曲線
結(jié)論
在實驗室儀器如安東帕SAXSpace和SAXSpoint等儀器上使用在線SEC-SAXS大大提高了在自己實驗室進行蛋白質(zhì)分析的可能性。
即使是具有很強團聚傾向的蛋白質(zhì)也很容易被測定,因為分離和測定之間沒有延遲。由于測量可以在停止流動模式下,因此也可以測量高度稀釋低聚物和弱散射小分子。
這進一步減少了同步加速器測量的需求,減少了旅行時間和敏感樣品的運輸。
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