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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(smart-seq2)
參考價(jià) | ¥ 1 |
訂貨量 | ≥1件 |
- 公司名稱 深圳市易基因科技有限公司
- 品牌 其他品牌
- 型號(hào)
- 產(chǎn)地
- 廠商性質(zhì) 生產(chǎn)廠家
- 更新時(shí)間 2024/8/12 14:56:54
- 訪問(wèn)次數(shù) 74
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時(shí)下火熱的10X Genomics公司Chromium解決方案無(wú)法滿足某些特殊或者少量細(xì)胞樣本甚至單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組研究。Smart-seq2技術(shù)在單細(xì)胞水平對(duì)帶Poly(A)的RNA進(jìn)行全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組擴(kuò)增及高通量測(cè)序,能夠滿足高靈敏度、低偏好性的cDNA擴(kuò)增,得到全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本,實(shí)現(xiàn)高水平的序列模板轉(zhuǎn)換。
Smart-seq2技術(shù)有較好的覆蓋范圍,可檢測(cè)到稀有轉(zhuǎn)錄本,無(wú)需額外的專業(yè)設(shè)備,應(yīng)用范圍較廣,可以解決傳統(tǒng)RNA 定量技術(shù)在早期胚胎發(fā)育、干細(xì)胞、癌癥、免疫等研究領(lǐng)域中存在的樣品量極低或細(xì)胞異質(zhì)性的問(wèn)題,是在單細(xì)胞水平研究基因表達(dá)強(qiáng)有力的工具,極大地拓展了RNA-seq 的應(yīng)用范圍。
技術(shù)優(yōu)勢(shì):
1、起始量低:1-1000個(gè)細(xì)胞或10pg-10ng total RNA即可高效擴(kuò)增;
2、檢測(cè)靈敏度高: 大幅度增加了低表達(dá)基因的檢出量;
3、堿基分辨率高: 可達(dá)單堿基分辨率,且可以定位到具體基因的具體轉(zhuǎn)錄本;
4、實(shí)驗(yàn)可控: 質(zhì)控點(diǎn)多,可從實(shí)驗(yàn)的開端判斷細(xì)胞狀況;
5、轉(zhuǎn)錄本覆蓋度高: 通過(guò)雙端引物擴(kuò)增全長(zhǎng)cDNA,獲得全轉(zhuǎn)錄組信息,避免3’端和5’端偏好性,產(chǎn)物完整性好。
實(shí)驗(yàn)策略:
分析內(nèi)容:
送樣要求:
經(jīng)典案例:
Bj?rklund 等利用Smart-seq2單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序揭示人CD127+先天淋巴細(xì)胞的異質(zhì)性
The heterogeneity of human CD127(+) innate lymphoid cells revealed by single-cell RNA sequencing
先天淋巴細(xì)胞(ILCs)是一種免疫細(xì)胞,它通過(guò)釋放可溶性的因素調(diào)節(jié)對(duì)病毒、細(xì)菌和寄生蟲的早期免疫反應(yīng)。這些細(xì)胞可以根據(jù)細(xì)胞表面的轉(zhuǎn)錄因子及細(xì)胞因子被分為三個(gè)亞型,每種亞型都有不同的功能。利用流式細(xì)胞儀分選患有阻塞性睡眠呼吸暫停綜合癥患者的扁桃體組織中的ILCs(Lin-CD127+)和NK cells(CD45+Lin-CD127-NKG2A+CD56+CD16- )。采用Smart-seq2進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組擴(kuò)增建庫(kù);Illumina HiSeq 2000 3M reads /樣本進(jìn)行測(cè)序分析。采用PCA(主成分分析)和t-SNE對(duì)ILC中847個(gè)表達(dá)的基因進(jìn)行分型分析,將細(xì)胞分為4類:ILC1、ILC2、ILC3、NK cells。應(yīng)用SCDE軟件包對(duì)4類細(xì)胞的差異基因進(jìn)行分析,找出共有及差異基因,結(jié)果發(fā)現(xiàn),CD127+ILCs中共有的差異基因的表達(dá)量比NK細(xì)胞中明顯要高。ILC1、 ILC2、ILC3差異基因表達(dá)分析,結(jié)果表明,ILC1 cells共有79個(gè)上調(diào)表達(dá)基因,參與干擾素γ的調(diào)控,ILC2 cells共有58個(gè)上調(diào)表達(dá)的基因,在前列腺素、Notch信號(hào)通路及環(huán)境感應(yīng)中發(fā)揮作用,ILC3 cells共有371個(gè)上調(diào)表達(dá)的基因,根據(jù)GO注釋有85個(gè)與免疫相關(guān),且存在未知功能的基因。
采用PCA和t-SNE分析ILC3中1,958個(gè)注釋的免疫基因,將ILC3分為3個(gè)亞型:Cluster A、Cluster B、Cluster C, 通過(guò)對(duì)這3種亞型細(xì)胞的分析,發(fā)現(xiàn)了新的免疫細(xì)胞CD62L+ ILC3。本研究通過(guò)對(duì)648個(gè)單細(xì)胞進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析,應(yīng)用t-SNE細(xì)胞分型、SCDE基因差異表達(dá)分析,在ILC3中發(fā)現(xiàn)新的免疫細(xì)胞CD62L+ ILC3。
參考文獻(xiàn):
Bjorklund, A.K., et al., The heterogeneity of human CD127(+) innate lymphoid cells revealed by single-cell RNA sequencing. Nat Immunol, 2016. 17(4): p. 451-60.