關(guān)于創(chuàng)騰科技

創(chuàng)騰科技專注于生命科學(xué)和材料科學(xué)領(lǐng)域信息化的開拓與創(chuàng)新。通過 AI 及移動互聯(lián)技術(shù)，我們?yōu)閺V大用戶提供：計算模擬與數(shù)據(jù)建模、科研創(chuàng)新及質(zhì)量合規(guī)等*的信息化解決方案，全面提升企業(yè)的研發(fā)效能和數(shù)字化轉(zhuǎn)型價值。在中國，已有千余家生命科學(xué)和材料科學(xué)領(lǐng)域的機構(gòu)選擇了創(chuàng)騰科技的產(chǎn)品和服務(wù)，包括國內(nèi)的制藥企業(yè)、新藥研發(fā)合同服務(wù)企業(yè)、石化企業(yè)以及高校、科研院所。

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Pipeline Pilot™ 強大的信息整合和流程定制的科學(xué)平臺
BIOVIA Pipeline Pilot 是一個圖形化的科學(xué)創(chuàng)新應(yīng)用平臺，通過實現(xiàn)科學(xué)數(shù)據(jù)的自動化分析，讓用戶能夠更好更快地獲取企業(yè)內(nèi)部資源，以及可視化、可定制的研究結(jié)果報告，從而優(yōu)化科研創(chuàng)新流程，提高工作效率，同時降低研究和 IT 的成本。通過 Pipeline Pilot，用戶不僅能夠整合和挖掘雜亂無章的海量研究數(shù)據(jù)，自動化數(shù)據(jù)的分析流程，而且還可以實現(xiàn)企業(yè)級的研究成果快速分析、可視化與共享，提升大范圍的協(xié)作能力。

Pipeline Pilot 創(chuàng)新科學(xué)工作流平臺既支持簡單的數(shù)據(jù)格式（文本和數(shù)字），又支持復(fù)雜的科學(xué)數(shù)據(jù)類型（圖像、化學(xué)結(jié)構(gòu)和生物序列）?？茖W(xué)的廣度與深度， 再加上 Biovia 公司廣泛的合作伙伴，使得 Pipeline Pilot 能夠滿足眾多研究性工業(yè)的各種需求，包括制藥、生物技術(shù)、材料科學(xué)、 個人消費品、石油、翔氣、汽車、航空航天、能源和國防。

Pipeline Pilot 創(chuàng)新科學(xué)工作流平臺優(yōu)化研究創(chuàng)新周期 ：為科學(xué)數(shù)據(jù)分析（綠色）提供專業(yè)的分析工具；實現(xiàn)數(shù)據(jù)準(zhǔn)醐數(shù)據(jù)采集工作（藍(lán)色）的自動化和標(biāo)準(zhǔn)化。讓科學(xué)家和工程師能夠?qū)⒏嗟臅r間和精力投河真正研究工作中，從而更多地產(chǎn)生知識創(chuàng)新。

■ 通過 Pipeline Pilot ，用戶可以
?通過利用已有的研究成果和自動化日常的數(shù)據(jù)采集和分析過程，更快地完成研發(fā)項目，速度通?？梢蕴岣?10 倍，甚至更多。
?通過在單一環(huán)境中快速整合和處理來自多重研究領(lǐng)域的海量結(jié)構(gòu)性和非結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)隱藏在數(shù)據(jù)里面的知識。
?把*的方法和流程封裝并部署在團隊內(nèi)部，以確保在整個研發(fā)團隊內(nèi)的兼容性和協(xié)作性。
?根據(jù)建立用于發(fā)現(xiàn)的模型進行預(yù)測，減少直接的研發(fā)費用。
?基于標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)和廣泛接受的科學(xué)方法，快速建立和部署高質(zhì)量的科學(xué)解決方案。
?根據(jù)實時報告得到更好更快的實驗結(jié)果，從而提高決策能力。
?通過整合不同軟件工具和數(shù)據(jù)庫來提高軟件的應(yīng)用能力。

   強大的數(shù)據(jù)處理能力   

Pipeline Pilot 能夠圖形化地定制符合您的要求的數(shù)據(jù)管理和信息挖掘等科研工作流程。Pipeline Pilot 中包含了上干個不同功能的組件 ( Components )，您可以根據(jù)自己的需求，將其組合成不同的數(shù)據(jù)處理流程 ( Protocols )，實現(xiàn)各種功能，如數(shù)據(jù)檢索和處理，化合物各種性質(zhì)的計算、篩選與顯示等。Pipeline Pilot 平臺還提供了 Web 服務(wù)層接口，允許您將建立的數(shù)據(jù)處理流程部署在服務(wù)器上，通過 Web 向外界提供服務(wù)。

Pipeline Pilot 擁有強大的數(shù)據(jù)處理引擎和靈活的架構(gòu)，這使得它能*地解決研發(fā)機構(gòu)面臨的眾多難題。Pipeline Pilot 具有以下功能 ：

?對文本、數(shù)字和包括化學(xué)結(jié)構(gòu)、生物序列和科學(xué)圖像在內(nèi)的復(fù)雜數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)進行數(shù)據(jù)管理、分析和生成報告。
?對工程師、開發(fā)人員和領(lǐng)域?qū)＜襾碚f，Pipeline Pilot 是一使速的應(yīng)用開發(fā)環(huán)境，它幫助收集用戶需求并將之模型化，從而直接形成一個終的產(chǎn)品系統(tǒng)。
?提供可用于數(shù)據(jù)檢索、處理、過濾和顯示的可配置組件。
?使用標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)來構(gòu)建自定義組件，這些標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)包括 SOAP/Web Services、Perl、Java 和命令行方式。
?提供一個靈活的、可配置的、面向服務(wù)的架構(gòu)。
?提供大量已由實踐檢驗的科學(xué)組件和*工作流，這些組件和工作流涵蓋了眾多的科學(xué)領(lǐng)域。
?能夠整合第三方應(yīng)用數(shù)據(jù)庫和已有的常用科學(xué)工具，包括微軟 SharePoint、微軟 Office 應(yīng)用程序、化學(xué)制品注冊數(shù)據(jù)庫、圖像數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)、在線數(shù)據(jù)庫 ( 如 PubMed 和 PubChem )、數(shù)據(jù)庫、生物序列數(shù)據(jù)和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和序列數(shù)據(jù)庫。 Pipeline Pilot 的開放式架構(gòu)使得它能夠整合大量其它的第三方數(shù)據(jù)資源，包括 ODBC、JDBC 或網(wǎng)絡(luò)服務(wù)兼容的那些資源。

   靈活的數(shù)據(jù)與應(yīng)用程序整合能力   

Pipeline Pilot 通過一系列的標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)，能幫助您將各種不同格式的數(shù)據(jù)，如內(nèi)部數(shù)據(jù)庫，文檔或任何從企業(yè)中獲得的數(shù)據(jù)組織成統(tǒng)一有序的信息，為您的決策提供有力依據(jù)。對于科研工作者，Pipeline Pilot 還可以讀取各種通用格式的化學(xué)、生物序列、文本、圖像和數(shù)字信息并對它們進行實時的分析。同時，通過 SOAP、Perl、Java、VB Script 和命令行等方式，研究人員可以把工作相關(guān)的第三方軟件整合成為新的組件，建立更符合自己科研習(xí)慣和要求的數(shù)據(jù)處理流程，這些新組件將被自動整合為系統(tǒng)模塊組件的一部分，能以系統(tǒng)原有組件相同的方式與其他用戶共享使用。

   *流程的共享和部署能力   

在 Pipeline Pilot 中，可以對數(shù)據(jù)處理流程實現(xiàn)自動獲取，注釋和版本編號，還可以方便地將建立的數(shù)據(jù)處理流程發(fā)布給其他研究人員，實現(xiàn)流程共享，使得團隊合作開發(fā)變得更加方便。為了進行更廣泛的交流，您甚至可以將您的數(shù)據(jù)處理流程通過 Pipeline Pilot 的 Web 接口發(fā)布到網(wǎng)絡(luò)上，提供基于瀏覽器的使用方式，供更多人的交流和使用。

   可定制的報告和網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用的開發(fā)能力   

在 Pipeline Pilot 中，可以使用表格、圖表、圖片和文字等定制數(shù)據(jù)報告，對數(shù)據(jù)分析和數(shù)據(jù)挖掘過程進行總結(jié)和展示，并按照您的意愿設(shè)計合適的報告布局和報告內(nèi)容，從而更深入地解釋所獲得的結(jié)果。您在同一張報告中使用表格、圖表和圖像，可以從不同的視角上觀察同一份數(shù)據(jù)，或使用不同的方式對不同來源的數(shù)據(jù)進行相互比較，從而得出合理的結(jié)論，為終決策提供依據(jù)。您還可以使用多種格式輸出報告，包括 HTML、PDF、Word 和 PowerPoint 。

為了讓您的報告更加生動，您可以在其中加入 Web 交互元素，如報告內(nèi)加入超鏈接，各種信息提示等。您甚至可以將幾個數(shù)據(jù)處理流程整合成為一個網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用程序，由終用戶來決定顯示哪些數(shù)據(jù)和用哪種方式來顯示數(shù)據(jù)，而不需要終用戶設(shè)計任何數(shù)據(jù)處理流程。

   系統(tǒng)架構(gòu)和客戶端類型   

Pipeline Pilot 采用靈活的系統(tǒng)架構(gòu)，其服務(wù)端支持 Windows 和 Linux 平臺，并可以按 Client / Server （ 客戶端 / 服務(wù)器 ）和 Browse / Server （ 瀏覽器 / 服務(wù)器 ）兩種模式來部署，使得各種流程和任務(wù)能夠方便地跨平臺（ Windows/Linux ）運行。

Pipeline Pilot 擁有兩種不同的客戶端使用模式和界面 ：
• Pipeline Pilot Professional Client
Pipeline Pilot 專業(yè)版客戶端能夠使用 Pipeline Pilot 所有功能。在該客戶端模式中，您可以創(chuàng)建和修改工作流來滿足特定的要求，并可以將開發(fā)出來的流程發(fā)布給其他人共享使用。 基于專業(yè)版客戶端，用戶還可以用來創(chuàng)建全新的組件，或者在已有的組件上進行修改，來滿足科研及數(shù)據(jù)分析的需求。

• Pipeline Pilot Webport Client
Pipeline Pilot 網(wǎng)頁客戶端允許您通過瀏覽器即可輕松地瀏覽和使用 Pipeline Pilot 中已發(fā)布的數(shù)據(jù)處理流程，并根據(jù)自己的需求設(shè)置合理的參數(shù)，從而完成相應(yīng)的數(shù)據(jù)分析。Pipeline Pilot 的網(wǎng)頁客戶端使您可以在多種 Web 環(huán)境下使用 Pipeline Pilot ，如常用的瀏覽器，Microsoft SharePoint ，RSS feeds ，網(wǎng)頁鏈 接 ，以及用 SDKs 所開發(fā)的任何定制化客戶端。


   拓展和提升 Biovia 應(yīng)用程序的能力   

Pipeline Pilot 不僅是提升個人和團隊工作效率的有力工具，同時也可以用于擴展和提升各種 Biovia 應(yīng)用程序的應(yīng)用能力，如 Insight ，Insight for Excel 和 EKB 等。大部分 Biovia 應(yīng)用程序都提供有相應(yīng)的接口，使得 Pipeline Pilot 可 以為其提供數(shù)據(jù)分析服務(wù)，如生成分析圖表或者是完整的報告，從外部文件、數(shù)據(jù)庫和網(wǎng)絡(luò)資源中加載數(shù)據(jù)，與其他應(yīng)用程序和工具 的整合等等。Pipeline Pilot 的強大的科學(xué)數(shù)據(jù)分析處理能力為這些程序的應(yīng)用能力拓展提供了無限可能。而且這種集成往往是無縫的整合，終用戶通常感覺不到他們正在運行的 Pipeline Pilot 流程。


   Pipeline Pilot 的主要科學(xué)模塊和說明如下   

Pipeline Pilot 組件是構(gòu)成科學(xué)信息平臺的一個一個 "積木" ，它們被按照科學(xué)領(lǐng)域或功能進行分類。研究人員、開發(fā)人員和 IT 專家通過這些為數(shù)眾多的組件既能執(zhí)行待定的科學(xué)分析，也可以進行常見的數(shù)據(jù)處理。他們以可視化的方式搭建分析流程，從而實現(xiàn)數(shù)據(jù)檢索、篩選、分析和生成報告等功能。

   誰將從 Pipeline Pilot 中收益 ?   
   化學(xué)家   
   提高關(guān)鍵研晚開翅程的效率,包括 化學(xué)制品的注冊、篩選和數(shù)據(jù)分析。
   更容易和有效地訪問、分析和展示化學(xué)制品信息。
   在一個靈活的環(huán)境下進行強大的特定化學(xué)分析和報告。
   管理化合物列表，收集相關(guān)信息，通過我們的 MedChem 應(yīng)用案例進行分析和純化   

   生物學(xué)家   
   解決從生物療法到轉(zhuǎn)化型研究多個生物科學(xué)領(lǐng)域的問題。
   提高了知識共享、決策和工作能力。
   可以對所有和圖像相關(guān)的數(shù)據(jù)進行加強、 整合、分析、分類和政報告。
   通過 Accel rys 的 Biologies Registration system 進行注冊、鑒定、 更新、追蹤、關(guān)聯(lián)和查詢已有的生物制品。   

   信息學(xué)家   
   數(shù)據(jù)流的拖放操作方式使得直接地調(diào)試和迅速部署流程成為可能。
   與統(tǒng)計工具的緊密結(jié)合提高了預(yù)測結(jié)果的可靠性。
   提高用戶數(shù)據(jù)模型的質(zhì)量。   

   IT 和開發(fā)人員   
   在一個科學(xué)信息平臺上整合自己開發(fā)的和商業(yè)的應(yīng)用程序。
   能讀取和分析所有的科學(xué)數(shù)據(jù)格式。
   快速建立和部署網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用服務(wù)。   

■ Chemistry 化學(xué)
• Chemistry Component Collection
Chemistry 模塊提供了多種對化合物的篩選和學(xué)習(xí)方法，實現(xiàn)化合物的性質(zhì)計算、分析和處理等功能，并能將您的化合物與其他數(shù)據(jù)庫中的化合物進行對比，發(fā)現(xiàn)其中性質(zhì)*、結(jié)構(gòu)新穎的分子。另外還能快速枚舉和分析組合化學(xué)的反應(yīng)產(chǎn)物，識別一系列化合物中的公共子結(jié)構(gòu)，實現(xiàn)第三方處理程序與 Pipeline Pilot 的無縫連接，自動執(zhí)行對化合物的全部分析過程。該模塊支持絕大多數(shù)的工業(yè)標(biāo)準(zhǔn)化學(xué)格式，包括來自 MDL 的 MOL、SD、RG、RXN、ISIS ，來自 Daylight 的 SMILES、SMIRKS、MARTS  TDT ，以及常用的 MOL2 等各種表達(dá)化學(xué)結(jié)構(gòu)的文件格式，并可實現(xiàn)各種格式之間的轉(zhuǎn)化。

通過 Chemistry 模塊，用戶可以：
 • 兼容大部分工業(yè)標(biāo)準(zhǔn)化學(xué)數(shù)據(jù)格式
 • 計算眾多的分子屬性和指紋
 • 標(biāo)準(zhǔn)化和處理分子結(jié)構(gòu)
 • 通過反應(yīng)和 RGroup 枚舉組合化合物庫
 • 枚舉產(chǎn)生生物等電體庫
 • 使用 Perl 和 Java 工具包來創(chuàng)建新的化學(xué)組件
 • 多個化合物庫的標(biāo)準(zhǔn)化和比較
 • 子結(jié)構(gòu)和相似結(jié)構(gòu)檢索
 • 化合物的聚類分析和多樣性分析
 • SAR 分析和大公共子結(jié)構(gòu)檢索

• ADMET Component Collection
ADMET 模塊能夠計算化合物在生物體內(nèi)的吸收、分布、代謝、排泄和毒性特征，包含的模型有：人體腸內(nèi)吸收預(yù)測模型、水溶性預(yù)測模型、血腦障礙滲透性預(yù)測模型、血漿蛋白結(jié)合率預(yù)測模型、細(xì)胞色素 P450 2D6 抑制率預(yù)測模型和肝毒性預(yù)測模型，此外，本模塊還能夠預(yù)測已知藥物的代謝產(chǎn)物。

通過 ADMET 模塊，用戶可以：
 • 快速計算化合物的 ADMET 性質(zhì)
 • 排除 ADMET 特性不佳的化合物
 • 在合成之前，評估用于提高化合物 ADMET 屬性的純化方法
 • 在化合物分析報告里整合 ADMET 屬性、實驗和其它計算屬性

■ Biology 生物
• Gene Expression Component Collection
Gene Expression 模塊在開源軟件 BioConductor 的基礎(chǔ)上，實現(xiàn) 了基因表達(dá)實驗的數(shù)據(jù)處理、可視化、分析、標(biāo)記和報告生成等一系列功能。利用 Pipeline Pilot 的圖形化數(shù)據(jù)處理流程設(shè)計能力，與 BioConductor 引擎相結(jié)合，可建立復(fù)雜的工作流程，同時也可將基因表達(dá)分析與 Pipeline Pilot 的其他功能的聯(lián)合，如序列分析、文本分析和報告生成等，以完成更復(fù)雜的工作，而這一切都無需任何編程工作。

通過 Gene Expression 模塊，用戶可以：
 • 分析和注釋基因表達(dá)實驗
 • 無需編程和熟悉 R 語言，就能夠使用 BioConductor 工具
 • 很容易地創(chuàng)建用于比較不同分析方法的流程
 • 整合 R/BioConductor 和其它的 Pipeline Pilot 模塊的分析，包括 R Statistics 和 Sequence Analysis 模塊
 • 創(chuàng)建包含 R 產(chǎn)生的圖表和 Reporting 模塊分析結(jié)果在內(nèi)的綜合分析報告
 • 下載和分析 GEO 數(shù)據(jù)集

• Sequence Analysis Component Collection
Sequence Analysis 模塊通過 180 多種的序列分析組件提供了一整套的生物信息學(xué)工具，將模塊化工具與圖形化的設(shè)計方式結(jié)合， 實現(xiàn)對蛋白質(zhì)和核酸的序列的注釋和特征分析，序列搜索和比對，產(chǎn)生引物和擴增子，siRNA 設(shè)計，發(fā)現(xiàn)限制性酶切位點等功能。同樣， 本模塊可以通過 Java 和 Perl 建立新的組件來擴展系統(tǒng)功能，或通過與 EMBOSS 整合而實現(xiàn)功能的擴展。

 

通過 Sequence Analysis 模塊，用戶可以：
 • 自動化新序列數(shù)據(jù)的常規(guī)分析
 • 跨物種比較基因和基因組
 • 在分析瞧中整合用戶的算法
 • 執(zhí)行 ClustalW、Muscle、HMM 和 BLAST 分析
 • 設(shè)計 siRNA 分析牌
 • 在分析流程中整合 E-Utilities 和 Entrez 查詢功能
 • 和其它模塊結(jié)合進行更復(fù)雜的


• Mass Spec for Proteomics Component Collection
Mass Spec for Proteomics 模塊提供了一系列對基于生物質(zhì)譜的蛋白組數(shù)據(jù)處理工具，可以對來自質(zhì)譜實驗的數(shù)據(jù)進行讀入、輸出、 顯示、處理、分析、比較和發(fā)布?？梢院?Sequence Analysis 和 Gene Expression 模塊進行連用做其他實驗數(shù)據(jù)的分析以及生物標(biāo)記的識別和驗證。

通過 Mass Spec for Proteomics 模塊，用戶可以：
 • 讀取多種數(shù)據(jù)格式或 mzXML 文件
 • 以多種形式查看用戶數(shù)據(jù)，比如交互式的色譜圖、2D 質(zhì)譜運行圖、掃描圖、峰值圖、保留時間草圖和熱圖
 • 使用 X！Tandem 進行蛋白質(zhì)成分鑒定
 • 使用 XCMS 提取、鑒定和比對不同圖譜間的峰值
 • 以 web port 交互式的方式發(fā)布分析結(jié)果
 • 計算 2 個樣本中蛋白豐度的 ASAPRatio 值

• Next Generation Sequencing Component Collection
Next Generation Sequencing （NGS）模塊讓用戶能夠分析和解析目前大多數(shù)高通量測序儀產(chǎn)生的大量數(shù)據(jù)集?；趶姶蟮?nbsp;Pipeline Pilot 平臺，NGS 模塊帶來了很多專門分析 NGS 數(shù)據(jù)的組件和流程，功能涉及序列拼接、reads 定位、多態(tài)性與結(jié)構(gòu)差異查找以及 reads 篩選等多個方面，還可以整合其他更多的 NGS 程席和算法，一起構(gòu)建 NGS 信息化平臺。

通過 Next Generation Sequencing 模塊，用戶可以：
 • 通過簡單的鼠標(biāo)拖放操作創(chuàng)建和執(zhí)行整套的新數(shù)據(jù)處理流程
 • 通過定制的交互式網(wǎng)頁報告來評估分析質(zhì)量和覆蓋率
 • 為任何知識庫添加屬性，比如基因和 dbSNP 入口號
 • 通過 BWA、Bowtie 或 mapreads 比對 reads
 • 通過 Velvet 執(zhí)行 de novo 拼接
 • 查找 SNP、插入、刪除和拷貝觸化等信息
 • 瀏覽用戶實驗的比對分析統(tǒng)計結(jié)果

■ Life Science Modeling & Simulation 生命科學(xué)建模和模擬
 • Catalyst Collection（ 藥效團 ）
Catalyst 模塊提供了一整套藥效團建模和 3D 分子數(shù)據(jù)庫篩選工具。Pipeline Pilot 整合了*的藥效團軟件 Catalyst，從而簡化了藥效團的建模和分析過程。通過該模塊，用戶可以輕松實現(xiàn)基于 Catalyst 的化合物 3D 構(gòu)象的生成、創(chuàng)建 3D 數(shù)據(jù)庫、產(chǎn)生藥效團模型和進行虛擬篩選等功能。

 • CHARMm Collection（ 分子模擬 ）
CHARMm 模塊整合了*的分子動力學(xué)引擎 CHARMm，CHARMm 的* Martin Karplus 獲得了 2013 年的諾貝爾化學(xué)獎。
CHARMm 模塊使得 Pipeline Pilot 的應(yīng)用能力得到進一步拓展，使其可以用來模擬生物分子，能為蛋白質(zhì)、核酸、小分子和蛋白質(zhì)配體復(fù)合物進行穩(wěn)定而又準(zhǔn)確的分子力學(xué)和分子動力學(xué)模擬。

 Life Science Modeling & Simulation 的模塊通過 Discovery Studio 中提供，更多模塊功能和細(xì)節(jié)信息請參考 Discovery Studio 的相關(guān)資料。

 可進入創(chuàng)騰科技網(wǎng)站了解更多 Pipeline Pilot 的主要科學(xué)模塊和說明信息請參考 Pipeline Pilot 的技術(shù)資料。

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