土壤DNA提取試劑盒,土壤RNA提取試劑盒,水樣DNA提取試劑盒,糞便DNA提取試劑盒,植物DNA提取試劑盒,血液DNA提取試劑盒,培養(yǎng)基,細菌DNA提取試劑盒
當提到從各種樣品中提取DNA或RNA,zui快速*的樣品處理辦法就要數(shù)研磨珠高速擊打破碎。無論研磨均質(zhì)微生物、老鼠組織、植物種子或葉子,還是各種土壤,使用研磨珠都能有效打破細胞壁和細胞膜,釋放出DNA、RNA,供下游提取純化。
目前市場上有大量各種類型研磨珠供選擇,使用者往往無從下手。本文總結(jié)歸納了在MoBio實驗室使用的各種研磨珠的特性,以及適合處理的樣品類型,供參考。
在之前的文章,根據(jù)RNA提取的特點詳細地討論了該使用的研磨均質(zhì)條件。今天將全面討論DNA、RNA提取過程中研磨珠的選擇。
渦旋儀:
通常在渦旋儀上使用研磨珠套管的情況zui多。渦旋儀非常適合用于樣品DNA提取的研磨均質(zhì)。因為它動作相對緩和,能zui大程度上保持DNA的完整性。
0.15mm石榴石(Garnet):用于提取微生物純培養(yǎng)的DNA,也適合于菌液的離心沉淀、水過濾物、尿沉淀,或敗血癥血培養(yǎng)。沙粒樣的石榴石顆粒表面粗糙不平,非常有利于細胞壁的裂解。但其硬度相對比較低,在渦旋儀研磨擊打條件下,對DNA損傷較小。
使用石榴石的試劑盒:我們在UltraClean® Microbial DNA Kit、PowerFood DNA Kit (0.5 ml tube) 和Bacteremia DNA Kit(2.0 ml tube)上使用此類型研磨珠
0.7mm Garnet石榴石(Garnet):此種研磨珠由各種大小不一、表面粗糙不平、外形各異的鋒利小石塊組成。鋒利而堅硬,能有效破碎半固體狀及堅硬樣品。
使用0.7mm石榴石的試劑盒:使用渦旋儀破碎
2ml管動物組織樣品:UltraClean Tissue and Cells DNA Isolation Kit ;
2ml管土樣樣品:UltraClean Soil、PowerSoil DNA Isolation Kits 及 PowerFecal DNA Isolation Kit,
15ml管:RNA PowerSoil Isolation Kit、 UltraClean Water DNA Isolation Kit
50ml管:PowerMax Soil DNA Isolation Kit.
0.15mm/0.7mm石榴石:Powerwater DNA Isolation Kits 及 RapidWater DNA Isolation Kits的5ml研磨珠套管就使用了這兩款研磨珠混搭。更換成5ml厚壁管意味著不用折疊47mm水樣濾膜就能輕松塞進研磨管中。這里提供了更多水樣濾膜的選擇技巧。研磨珠的混搭可以zui大程度地釋放濾膜表面及內(nèi)陷的微生物到研磨管。
0.25mm碳化硅:此款研磨珠均為鋒利的小薄片。薄片碳化硅能高效破壞微生物細胞,并剪切基因組DNA。通常用來制備RNA。
使用0.25碳化硅研磨珠的試劑盒:我們使用此研磨珠在UltraClean Microbial RNA Isolation Kit 0.5ml 管中提取微生物RNA;還在Biostic Stabilized Blood RNA Isolation Kit上用于過柱吸附RNA前對基因組DNA進行破碎。此舉大大減輕了RNA制備的后期處理工作。
渦旋儀或高速研磨機:
玻璃研磨珠都能用在渦旋儀和高速研磨機上。而相對來說,其跟適合于后者。因為玻璃珠在高速研磨過程中不會發(fā)生崩解。
0.1mm 玻璃珠:細小的玻璃珠直徑只有0.1mm。圓球外形非常堅硬,在強大外力作用下依然保持完整。是處理某些類型土壤(如:粘土、沉淀物和沙土)的選擇。提取真菌、孢子DNA也能得心應(yīng)手。適合渦旋儀和PowerLyzer使用。
使用0.1mm玻璃珠的試劑盒:我們在PowerLyzer UltraClean Microbial DNA Isolation Kit 0.5 ml管和 PowerLyzer PowerSoil DNA Isolation Kit 2ml管中使用此研磨珠。更多關(guān)于有效提取粘土DNA的數(shù)據(jù)。
0.5mm 玻璃珠:下一個要介紹的是0.5mm玻璃研磨珠。其球狀外形及高硬度同樣適合用于高速研磨機。不過我們尚未應(yīng)用到試劑盒上。在提取菌類DNA及需要輕質(zhì)大個研磨珠場合上比較適用。我們提供了2ml裝的研磨珠套管。
高速研磨機上使用的研磨珠套管:
下面的擊中研磨珠直徑較大,適合用于破碎堅硬樣品或者RNA的提取。因此,一般的渦旋儀不能滿足所需作用力。
2.38mm 金屬研磨珠套管: 我們實驗室通常用來提取植物DNA。金屬研磨珠質(zhì)地非常堅硬,在一般渦旋儀上可以用來提取柔軟的植物組織。而對于大部分植物樣品,在高速研磨機上使用能釋放出更多DNA。金屬研磨珠很好地應(yīng)用于植物DNA提取的另一個原因是,植物DNA提取的裂解緩沖液中不含有腐蝕金屬球的離液鹽,不會導致其銹色。此研磨珠在我們的厚壁管中高外力情況下使用不會發(fā)生破裂。
使用2.38mm金屬研磨珠套管的試劑盒:PowerPlant DNA Isolation Kit。
1.4mm 陶瓷研磨珠套管:細小的陶瓷研磨珠提取幼小樣品RNA,有時比2.8mm研磨珠來得更有效率。經(jīng)過試驗證明,對于所有類型植物和動物組織,2.8mm陶瓷研磨珠是用的。所以我們沒有把1.4mm陶瓷研磨珠應(yīng)用在試劑盒上。但也不排除客戶有特殊應(yīng)用。市場上商品化名稱有時會把陶瓷研磨珠稱為鋯石。而鋯石就是一種陶瓷材料。
2.8mm陶瓷研磨珠套管:我們把此研磨珠應(yīng)用于幾乎所有PowerLyzer系列的試劑盒上。2.8mm陶瓷研磨珠非常適合于提取各種動植物組織RNA。而且在提取RNA必須使用的高離鹽裂解液中不會生銹或變色。研磨珠已經(jīng)預裝在厚壁管中。
使用2.8mm陶瓷研磨珠的試劑盒:
PowerLyzer UltraClean Tissue & Cells RNA Kit 和 PowerLyzer UltraClean Plant RNA Kit。
所有的研磨珠套管都可以單獨購買,以便于開發(fā)你自己的操作流程和嘗試新的混搭。為了節(jié)省你的經(jīng)費,大部分研磨珠都有散裝銷售。厚壁管也可以單獨購買。
樣品類型 | 石榴石0.7mm | 石榴石0.15mm | 碳化硅0.25mm | 陶瓷珠2.8mm | 陶瓷珠1.4mm | 金屬球2.38mm | 玻璃珠0.5mm | 玻璃珠0.1mm | |
Garnet | Garnet | Carbide | Ceramic | Ceramic | Metal | Glass | Glass | ||
組織 | 組織Tissue | V | V,B | V,B | |||||
皮膚Skin | V | V,B | V,B | ||||||
頭發(fā)Hair | V | V,B | |||||||
指甲Nail | V | V,B | |||||||
骨頭Bone | V,B | V,B | |||||||
肺Lung | V | V,B | |||||||
V,B | V,B | ||||||||
肝臟Liver | V | V,B | |||||||
腦Brain | V | V,B | |||||||
心臟Heart | V,B | V,B | |||||||
腎臟Kidney | V | V,B | |||||||
性腺Gonad | V | V,B | |||||||
昆蟲/蒼蠅 | V,B | V,B | |||||||
昆蟲/扁虱Insect/Tick | V,B | V,B | |||||||
微生物 | 細菌Bacteria | V,B | V,B | V,B | |||||
酵母Yeast | V,B | V,B | V,B | V,B | |||||
革蘭氏陽性菌Gram + | V,B | V,B | V,B | ||||||
革蘭氏陰性菌Gram - | V,B | V,B | V,B | ||||||
真菌/霉菌Fungi/Mold | V,B | V,B | V,B | ||||||
孢子Spores | V,B | V,B | V,B | ||||||
植物組織 | 柔軟植物組織 | V | V,B | ||||||
堅硬植物組織 | B | V,B | |||||||
種子Seeds | B | V,B | |||||||
莖Stems | B | V,B | |||||||
玉米Corn | V,B | ||||||||
堅果Nuts | V,B | ||||||||
大米Rice | V,B | ||||||||
小麥Wheat | V | V,B | |||||||
葉片Leaves | V | B | V,B | ||||||
擬南芥Arabidopsis | V | B | V,B | ||||||
土壤 | 土壤Soil | V | V,B | V,B | |||||
珊瑚Coral | V | V,B | V,B | ||||||
海底泥 | V | V,B | |||||||
淤泥Sludge | V | V,B | |||||||
糞便Fecal | 排泄物/糞便Fecal/Stool | V | V,B | ||||||
Scat | V | V,B | V,B | ||||||
RNA | 組織RNA | B | B | ||||||
微生物RNA | V | ||||||||
植物RNA | B | ||||||||
土壤RNA | V | B | |||||||
備注:(V)使用渦旋儀及適配器; (B)高速研磨擊打設(shè)備; V,B兩者皆可 | |||||||||
Recommended methods:(V)Vortex and Vortex adapter;(B)Bead beating instrument;V,B=Either method |