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DNA片段乳液包裹分選系統(tǒng)

2024-11-06

產(chǎn)      地:
暫無(wú)
所在地區(qū):
北京北京市
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Xdrop 是一種多功能且用戶友好的儀器,用于制備活的哺乳動(dòng)物或微生物細(xì)胞、細(xì)胞器、DNA 或其他生物材料以進(jìn)行高分辨率下游分析。

使用我們的Xdrop 試劑盒,Xdrop 安全快速地將活細(xì)胞、細(xì)胞器或 DNA 片段連同測(cè)定化學(xué)物質(zhì)一起封裝在高度穩(wěn)定的皮升體積雙乳化液滴中。這些液滴通過(guò)移液、渦旋、孵育、流式細(xì)胞術(shù)、分選,甚至長(zhǎng)期儲(chǔ)存都很穩(wěn)定。更重要的是,可以從液滴中回收細(xì)胞進(jìn)行擴(kuò)增。

  與適當(dāng)?shù)姆治黾夹g(shù)一起,Xdrop 應(yīng)用包括:

人體免疫細(xì)胞、NK細(xì)胞

微生物細(xì)胞的酶分泌

哺乳動(dòng)物細(xì)胞分泌細(xì)胞因子

驗(yàn)證基因編輯,包括評(píng)估意外的在靶和脫靶重排

借助 Xdrop,研究人員可以更輕松地深入了解人類、動(dòng)物、植物和微生物的細(xì)胞功能和基因組學(xué)。Xdrop 還可以為其他工作流程生成單乳液液滴,包括封裝 DNA 以進(jìn)行無(wú)偏差的全基因組擴(kuò)增。 我們提供 Xdrop 所需的全套試劑、試劑盒和附件。此外,用戶培訓(xùn)是我們標(biāo)準(zhǔn) Xdrop 安裝服務(wù)的一部分。

優(yōu)勢(shì)

Xdrop 可以將活的哺乳動(dòng)物或微生物細(xì)胞包裹在高度穩(wěn)定的雙乳液滴中,用于功能測(cè)定、孵育、表型分析和篩選。

Xdrop 幫助 回答工程細(xì)胞和基因治療研究中的關(guān)鍵問題。

Xdrop 支持分子工程工作流程,包括酶進(jìn)化和途徑工程。

Xdrop 具有用戶友好的界面和較小的占地面積,使每個(gè)分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室都能使用微流體的強(qiáng)大功能。

雙層乳化試劑盒

所有試劑都包含在試劑盒內(nèi),每次操作能封裝數(shù)百萬(wàn)個(gè)細(xì)胞或分子。

應(yīng)用實(shí)例:

1、全基因組的準(zhǔn)確擴(kuò)增

DNA片段乳液包裹分選系統(tǒng)

事實(shí)上,99%的靶基因組不止一次被文庫(kù)的測(cè)序讀取所覆蓋。

使用 Xdrop™ dMDA 技術(shù)擴(kuò)增基因,即使在輸入量低至 1 pg 時(shí)也能保真準(zhǔn)確的擴(kuò)增全部基因。

2、基因定相Phasing

DNA片段乳液包裹分選系統(tǒng)

CYP2D6*7等位基因包含1個(gè)單核苷酸多態(tài)性SNP),而CYP2D6*25A包含22個(gè)SNP。

Xdrop技術(shù)能夠準(zhǔn)確測(cè)出所有 23 種變體,包括Phasing(見圖)。

Xdrop™通過(guò)簡(jiǎn)單的設(shè)計(jì)和長(zhǎng)DNA片段(~100 kb)的間接序列捕獲為應(yīng)用提供支持。結(jié)合長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序,Xdrop™克服了在單個(gè)遺傳異質(zhì)樣品中基因定相的困難。

富集的高保真度能夠檢測(cè)等位基因中的一個(gè)或多個(gè)SNP,并使從頭組裝能夠解決結(jié)構(gòu)變化。

3、監(jiān)測(cè)基因復(fù)雜的結(jié)構(gòu)變化

DNA片段乳液包裹分選系統(tǒng)

對(duì)跨越斷點(diǎn)的讀數(shù)的詳細(xì)分析顯示,在8號(hào)染色體上的區(qū)域中存在多個(gè)HPV18整合位點(diǎn)。PacBio、Oxford Nanopore和Illumina數(shù)據(jù)集支持已識(shí)別的整合位點(diǎn)。

Xdrop®技術(shù)是一種新的靶向DNA富集方法,其可取之處在于可以選擇、富集和測(cè)序天然DNA片段。這允許富集大的基因組部分(約100kb),包括未知區(qū)域。使用Xdrop®方法生成的長(zhǎng)片段不僅適用于長(zhǎng)讀測(cè)序,還可以為短讀測(cè)序提供有價(jià)值的上下文信息。

4、對(duì)未知的感興趣區(qū)域(ROI)的測(cè)序

DNA片段乳液包裹分選系統(tǒng)

PCR和基于探針的靶向DNA富集方法需要密集的設(shè)計(jì)優(yōu)化和完整的感興趣區(qū)域(ROI)知識(shí)。這些傳統(tǒng)方法在表征復(fù)雜的基因組環(huán)境(例如重復(fù)區(qū)域、結(jié)構(gòu)變異、富含GC的區(qū)域)以及未知和重排的區(qū)域方面也失敗。為了克服這些限制,Samplix開發(fā)了一種新的微流體方法,即基于間接序列捕獲的Xdrop®富集工作流。

Xdrop®可以富集需要在檢測(cè)序列上設(shè)計(jì)單個(gè)引物對(duì)的長(zhǎng)~100 kb)靶DNA區(qū)域,對(duì)應(yīng)于ROI的一小部分或側(cè)翼區(qū)域。該擴(kuò)增子專門用于檢測(cè)、選擇和富集全長(zhǎng)ROI,最終進(jìn)行捕獲和測(cè)序。

使用Xdrop®技術(shù)解決這些挑戰(zhàn)性區(qū)域的能力為解決許多其他挑戰(zhàn)性區(qū)域打開了大門,這些區(qū)域可能代表了很大比例的基因組。將Xdrop®富集與長(zhǎng)讀和短讀測(cè)序技術(shù)相結(jié)合,可以提供所需的高分辨率,以快速且經(jīng)濟(jì)的方式解決復(fù)雜的基因組場(chǎng)景,繞過(guò)全基因組測(cè)序。

5、識(shí)別和確認(rèn)CRISPR基因編輯操作






通過(guò)簡(jiǎn)單的設(shè)計(jì)和長(zhǎng)DNA片段的間接序列捕獲,Xdrop有助于識(shí)別通常難以找到且成本高昂的轉(zhuǎn)基因插入位點(diǎn)。

構(gòu)建體中的隨機(jī)整合和宿主基因組序列的存在使整合位點(diǎn)鑒定變得復(fù)雜。 Xdrop使驗(yàn)證基因組工程變得簡(jiǎn)單明了。



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