中國科大在評估染色體外環(huán)狀DNA檢測方法取得進展
【化工儀器網 項目成果】近日，中國科學技術大學生命科學與醫(yī)學部瞿昆教授課題組在《自然·通訊》期刊上發(fā)表了一篇題為“Comparative analysis of methodologies for detecting extrachromosomal circular DNA”的研究文章。該研究系統(tǒng)性地評估了7種用于在測序數據中鑒定染色體外環(huán)狀DNA(eccDNA)的分析算法及7種不同實驗建庫方法的性能和差異，為eccDNA的深入研究提供了重要參考。
eccDNA作為一種在真核細胞內廣泛存在的環(huán)狀DNA分子，在腫瘤研究中扮演著重要角色。在腫瘤細胞中，eccDNA不僅參與癌基因的擴增，還涉及基因轉錄調控和腫瘤異質性，從而推動腫瘤的發(fā)生和發(fā)展。因此，對eccDNA的深入研究有望為腫瘤發(fā)病機制的理解提供新的視角，并為靶向藥物的開發(fā)開辟新的方向。
然而，目前用于eccDNA鑒定的測序建庫方法和生物信息學算法種類繁多，且由于eccDNA片段的大小多樣且來源復雜，不同方法間的實驗結果存在較大差異。這種差異給研究人員在選擇最適分析算法和實驗方法時帶來了挑戰(zhàn)。此外，現有的評估方法往往只關注準確性或計算需求等單一因素，且基于過于簡化的模擬數據，難以真實反映測序數據的復雜性。
針對這一問題，瞿昆教授課題組的研究團隊對多種eccDNA檢測方法和實驗建庫方法進行了系統(tǒng)評估。研究結果表明，在短讀長測序數據中，Circle-Map和Circle_finder算法在檢測eccDNA方面具有較高的效率。然而，Circle_finder算法存在一定的局限性，容易生成冗余結果。而在長度較長的測序數據中，特別是測序深度超過10X時，CReSIL算法的表現最佳。
在實驗方法方面，Circle-Seq-LR特別適用于檢測長度超過10 kb且具有拷貝數擴增的eccDNA(也稱ecDNA)，這類eccDNA與腫瘤進展密切相關。此外，研究還發(fā)現，不同實驗方法檢測到的eccDNA在長度、癌基因組成和基因重復元件的包含等方面展現出顯著的異質性。
為了幫助研究人員根據自身數據特點選擇最優(yōu)的分析流程，該研究團隊在GitHub上提供了完整的分析流程、代碼和模擬數據集。這一舉措不僅為進一步提升eccDNA檢測方法奠定了參考基礎，還有望推動eccDNA研究領域的快速發(fā)展。
此次研究的發(fā)表標志著中國科學技術大學在eccDNA研究領域取得了重要進展，也為國內外同行提供了寶貴的參考和借鑒。未來，該團隊將繼續(xù)致力于eccDNA的深入研究，為推動腫瘤發(fā)病機制的理解和靶向藥物的開發(fā)做出更多貢獻。
【素材來源：中國科學技術大學】
關注本網官方微信 隨時閱讀專業(yè)資訊
- 預算229萬 南京海關采購酶免工作站、熒光定量PCR儀等 2024-11-22 08:57:52
- 近日，南京海關就“南京海關動植物與食品檢測中心全自動酶免工作站、體式顯微鏡、熒光定量PCR儀、熒光定量PCR系統(tǒng)采購項目”發(fā)布公開招標公告，預算金額為229萬元。
- 福建省自主研制的全自動化學發(fā)光免疫檢測儀器及相關試劑打破進口 2024-11-20 11:19:42
- 近日，廈門大學公共衛(wèi)生學院承擔的福建省科技重大專項專題項目“第二代模塊化全自動化學發(fā)光免疫檢測儀器及高性能優(yōu)生優(yōu)育系列配套檢測試劑的研發(fā)”通過福建省科技廳組織的專家驗收。
- 預算793萬 南京農業(yè)大學采購實驗室儀器 2024-11-20 10:05:24
- 近日，南京農業(yè)大學就“南京農業(yè)大學農業(yè)農村部大豆病蟲害防控重點實驗室建設項目液相色譜串聯(lián)四級桿超高分辨質譜聯(lián)用儀等儀器設備采購”發(fā)布公開招標公告，預算金額為793.2萬元。
- 市場月報丨 醫(yī)療衛(wèi)生機構與高校采購金額占比70% 10月PCR儀中標 2024-11-09 13:30:38
- 據化工儀器網不完全統(tǒng)計，10月中國政府采購網上與PCR儀相關的詞條共138條，可統(tǒng)計到的PCR儀中標106臺/套，中標總金額2867.3968萬元。
- 又一IVD企業(yè)完成數千萬元融資！ 2024-11-09 10:26:39
- 近日，蘇州麗納芯生物科技有限公司宣布完成數千萬元A輪融資。本輪融資由四川正和祥集團領投，臨沂市沂南縣財金投資集團跟投，融資金額主要用于固態(tài)納米孔(第四代)基因檢測儀中試量產，防癌早篩產品的注冊報證、擴大生產基地以及產品市場開拓等。
版權與免責聲明
- 凡本網注明“來源：化工儀器網”的所有作品，均為浙江興旺寶明通網絡有限公司-化工儀器網合法擁有版權或有權使用的作品，未經本網授權不得轉載、摘編或利用其它方式使用上述作品。已經本網授權使用作品的，應在授權范圍內使用，并注明“來源：化工儀器網”。違反上述聲明者，本網將追究其相關法律責任。
- 本網轉載并注明自其它來源（非化工儀器網）的作品，目的在于傳遞更多信息，并不代表本網贊同其觀點或和對其真實性負責，不承擔此類作品侵權行為的直接責任及連帶責任。其他媒體、網站或個人從本網轉載時，必須保留本網注明的作品第一來源，并自負版權等法律責任。
- 如涉及作品內容、版權等問題，請在作品發(fā)表之日起一周內與本網聯(lián)系，否則視為放棄相關權利。
