推動蛋白質(zhì)組學應用 我國研究人員開發(fā)定量蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)分析工具
【化工儀器網(wǎng) 項目成果】近日，中國科學院廣州生物醫(yī)藥與健康研究院研究員張小飛團隊開發(fā)出定量蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)的下游分析與可視化工具。相關研究成果以DEP2: an upgraded comprehensive analysis toolkit for quantitative proteomics data為題，發(fā)表于Bioinformatics。
隨著組學技術的發(fā)展，在后基因組時代，蛋白質(zhì)組學已經(jīng)成為生命科學和生物醫(yī)學研究的重要手段。蛋白質(zhì)組學可以對細胞和組織中的成千上萬種蛋白質(zhì)進行全面的定性和定量分析，從而大規(guī)模地對蛋白質(zhì)的表達水平、翻譯后修飾、蛋白質(zhì)相互作用等進行研究。
蛋白質(zhì)組學是蛋白質(zhì)組實驗和數(shù)據(jù)分析的結合，數(shù)據(jù)分析方法對蛋白組學研究有著關鍵作用。目前定量蛋白質(zhì)組學以超高分辨率液質(zhì)聯(lián)用質(zhì)譜為基礎，其產(chǎn)生的數(shù)據(jù)具有方法儀器多樣、搜庫定量軟件繁多等特點，導致下游數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)非常繁瑣困難。
為解決這一問題，研究團隊公布了一個可用于處理多種蛋白質(zhì)組定量軟件輸入數(shù)據(jù)的R包DEP2，用于定量蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)下游處理、差異分析和可視化。DEP2是研究團隊之前開發(fā)的蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)的差異富集分析(DEP)軟件包的升級，改進了數(shù)據(jù)兼容性、可定制性和功能性等方面。
據(jù)介紹，DEP2集成肽段至蛋白重定量算法、缺失值填充方法，可用于分析肽段層面和蛋白組層面的定量蛋白質(zhì)組、修飾蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)。同時，DEP2捆綁了以模塊化搭建的shiny應用，可以無代碼方式同時處理多個蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)。DEP2兼容多類型上游結果，為研究人員處理蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)提供了便利。
DEP2 的總體目標是提高蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)分析的效率并消除障礙。它為蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)集提供了一個可重復的串聯(lián)分析工作流程，包括數(shù)據(jù)處理、估算、假設檢驗、結果可視化和下游生物功能探索。研究人員已=將其開源發(fā)布在github。
合適的數(shù)據(jù)分析工具將有效提高蛋白質(zhì)組分析效率，使蛋白質(zhì)組學能夠更好的滿足當前生命科學和醫(yī)學發(fā)展分析蛋白質(zhì)等生物大分子的需求，從而推動蛋白質(zhì)組學的應用發(fā)展。
(資料來源：科學網(wǎng))
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